В это время внутренне неоднородный федеральный центр был политически крайне ограничен возможностями вмешательства в региональные выборы, практика снятия с выборов кандидатов по его инициативе была довольно редкой (инициаторами таких скандалов обычно были сами губернаторы, и, как правило, центр избегал в этом случае конфликтов с наиболее могущественными региональными лидерами, например, не были допущены на выборы основные конкуренты М. Г. Рахимова на президентские выборы в Башкортостане в 1998 году). Наоборот, именно центр иногда фактически восстанавливал на выборах кандидатов, которых не регистрировали в регионе (например, А. В. Руцкого в Курской области и Алексея И. Лебедя в Хакасии в 1996 году), и не давал прежнему губернатору сорвать выборы или отменить их итоги (Марий Эл и Корякский автономный округ в 1996 году). При этом гораздо чаще скандалы происходили на муниципальных выборах (в которых явно можно проследить интересы команд губернаторов): отмена регистрации В. И. Черепкова на выборах мэра Владивостока (сентябрь 1998 года), отмена результатов выборов мэра Нижнего Новгорода, на которых победил А. А. Климентьев (март 1998 года), отмена по ряду округов результатов выборов депутатов Владивостокской городской Думы (январь 1999 года).
Бороться за контроль над сложными с точки зрения общественных настроений регионами федеральный центр в эти годы пытался электоральным путем, обычно заменяя лояльного, но слабоизбираемого губернатора перед выборами на казавшуюся более избираемой фигуру.
Эффективность подобной системы вызывала существенную критику, так как, в первую очередь, она не могла обеспечить в стране единого правового пространства и проведения согласованной государственной политики во многих важнейших областях. Во-вторых, она начинала угрожать самой федеральной власти.
Показательно, что даже в эти годы федеральный центр старался внести в процесс регулирования правил региональной политической жизни и отношений с регионами некоторые элементы унификации, исключающие наиболее явные девиации и злоупотребления, стремясь минимизировать все более явные отклонения ряда регионов от базовых принципов политико-институциональной системы государства с помощью принятия соответствующих федеральных законов и решений судов по наиболее вопиющим фактам несоответствия принимаемых в регионах институционально-политических решений.