Руководя сложнейшим коллективом светочей современной науки, Берия решил сделать упор на более тесное сотрудничество, улучшив с ними отношения и избавившись от критического настроя физиков к органам НКВД. В частности, по его заданию, Судоплатов приглашал Курчатова, Кикоина и Алиханова к себе обедать, дабы наладить с учёными доверительные отношения с органами безопасности: «Мы вели себя с ними как друзья, доверенные лица, к которым они могли обратиться со своими повседневными заботами и просьбами»[165]. Более того, Берия сам приезжал в лабораторию учёных и заверил их, что ни к ним, ни к их родственникам никаких репрессивных мер применяться не будет, и в этом плане они могут быть абсолютно спокойны. Думаю, что «выбить» подобную «индульгенцию» для всех участников проекта у Сталина было весьма непросто даже для Берии. В зоне ответственности Лаврентия Павловича репрессий практически не было.
Благодаря успешным мероприятиям по обороне Кавказа, слаженной работе разведки на ниве «ядерных секретов» и огромной инициативе на посту заместителя формального куратора атомного проекта Молотова политический авторитет Берии неуклонно рос. Поэтому 10 июля 1944 г. Первухин и Курчатов направили в ГКО на имя Л.П. Берии записку с проектом Постановления ГКО, в которой были предложены необходимые мероприятия по расширению работ и созданию в ГКО Совета по урану в составе: Берия Л.П. (председатель), Первухин М.Г. (зам. председателя) и Курчатов И.В.[166] Но официально куратором атомного проекта Берия был назначен лишь 3 декабря 1944 г., Постановлением ГКО № 7069сс «О неотложных мерах по обеспечению развертывания работ, проводимых Лабораторией № 2 АН СССР»[167]. С этого дня он отвечал головой за темпы создания ядерного оружия в СССР.
20 августа 1945 г., спустя 14 дней после атомной бомбардировки Хиросимы, Берия стал председателем Специального комитета при Совете Министров СССР, а к декабрю того же года он уже окончательно сложил с себя обязанности наркома внутренних дел.
По указанию Берии все учёные, задействованные в атомном проекте, были обеспечены хорошим жильём, дачами, специальным питанием и медицинской помощью, пользовались спецмагазинами. Отныне их личные дела хранились в секретариате Берии под его строгим контролем, будучи, наряду с атомными секретами, недоступными для спецслужб.