24 января 1939 г. первым наркомом химической промышленности назначается М. Ф. Денисов. В 1942 г. его сменил М. Г. Первухин. Он же стал и первым министром химической прмышленности СССР. Затем министрами были: С. М. Тихомиров (1950–1958 гг.), Л. А. Костандов (1965–1980 гг.), В. В. Листов (1980–1986 гг.). Последним министром химпромышленности был Ю. А. Беспалов (1986–1989 гг.). 5 ноября 1980 г. создаётся Министерство по производству минеральных удобрений, которое функционировало до 27 июня 1989 г. За всю историю этого Министерства у него было только два министра. Первым министром в 1980 г. назначется А. Г. Петрищев. Он проработал до 1986 г. Вторым и последним занимал эту должность Н. М. Ольшанский (1986–1989 гг.).
Вторая мировая война (1939–1945 гг.) нанесла огромный урон экономике страны и отрасли, в частности. Однако, за несколько послевоенных лет вдвое был превышен довоенный уровень производства азотных удобрений, освоен выпуск гранулированного суперфосфата, введена в эксплуатацию первая очередь комбината «Каратау» (Казахская ССР), восстановлены свыше 70 % разрушенных сернокислотных мощностей, начата разработка Старостинского месторождения калийных солей в Белоруссии.
Мощный рывок в развитии отрасль совершила в 50–60 годы в связи с открытием и разработкой крупнейших газовых месторождений Сибири. Природный газ становится важным, а впоследствии практически единственным сырьём синтеза аммиака. В это время были построены химкомбинаты в Невинномысске, Щёкино, Тольятти, Сумах, Гомеле и шахты Солигорска. Начинают выдавать продукцию ряд среднеазиатских предприятий.
Семидесятые годы были ознаменованы огромными капитальными вложениями и индустриальным ростом. В районе гор. Тольятти построен крупнейший в мире завод синтетического аммиака мощностью до 3 млн. тонн. Аммиакопровод длиной более двух тысяч километров соединил предприятие с портом Южный. Начинает выпуск комплексных удобрений Новгородский «Акрон», объединения «Уралкалий» и «Сильвинит» открывают три новых шахты, введены в эксплуатацию гиганты – Череповецкий «Аммофос», Балаковский завод фосфорных удобрений, Россошанский завод, Одесский припортовый завод (ОПЗ, Украинская ССР).
В 1973 г., кроме БЗФУ, в СССР было пущено ещё шесть химическихз заводов, имевших профиль предприятий по производству минеральных удобрений. Среди них: Алмалыкский завод (гор. Алмалык, фосфорная кислота, мощность – 130 тысяч тонн в год), Чимкентский завод (гор. Чимкент, двойной суперфосфат, 110 тыс. т/год), комбинат «Фосфорит» (гор. Кингисепп, моноаммонийфосфат, 130 тыс. т/год), Среднеуральский комбинаит (гор. Ревда, двойной суперфосфат, 66 тыс. т/год), Сумский завод (гор. Сумы, фосфорная кислота, 110 тыс. т/год), Уваровский завод (гор. Уварово, фосфорная кислота, 110 тыс. т/год, сложные удобрения 210 тыс. т/год). Ввод мощностей по производству удобрений, в том числе и за рубежом, был связан с резким подъёмом выпуска сельскохозяйственной продукции, следовательно, с ростом потребления удобрений. И, тем не менее, достигнутая дополнительная выработка не была достаточной для облегчения положения с нехваткой удобрений.