Малоросское религиозное движение, всё же, заставило Сигизмунда III вмешаться. Нужен был авторитетный лидер, к которому бы прислушалась неспокойная «голота». Сразу обнаружилось, что таковых среди русских нет. Уния ополячила здешнюю элиту, и та стала «страшно далека от народа». Пришлось делегировать молдаванина Петра Могилу на должность Печерского архимандрита. Новый лидер Киевской лавры оказался убеждённым западником и во вкусах, и в привычках. Крепкие родовые связи с польскими аристократами гарантировали ему сочувствие и содействие со стороны властей.
Будучи человеком просвещённым, Пётр Могила справедливо считал, что наведению мостов между православными и католиками мешает отсутствие единой религиозной культуры. Он создал Латино-Польскую школу рядом с уже существующим Братскими и Славяно-Греческим училищем. Новое учебное заведение, построенное по образцу иезуитских коллегиумов, устроило настоящую идеологическую войну против соседей. Непривыкшие к диспутам православные учителя сникали на фоне воинствующих коллег. Школяры, чувствуя превосходство латинян, всё меньше упорствовали в вопросах ортодоксального целомудрия.
Ползучая реформация в Киеве вызвала протест не только среди рядового духовенства, но и в миру. Неоднократно Лавру атаковали мещане, козаки и паломники, требуя от настоятеля-реформатора изгнать ересь из обители.
Петр Могила выстоял и даже стал митрополитом Киевским (интересно, что в сан его возвели в униатском Львове). Однако, все его деяния, вместо успокоения, привносили в церковную и светскую жизнь раздражение и сумятицу. Согласившись заменить на митрополичьей кафедре неугодного властям владыку Исайю Копинского, он пренебрёг церковным единством. Смещённый иерарх занял откровенно антипольскую позицию и в речах своих к пастве не боялся выражать вот такие радикальные мысли: «… король польский и паны радные и ляцкие арцыбискупы приговорили на сойме, что в их Польской и Литовской земли православной хрестьянской вере не быть, и хрестьянские церкви поломать, и книги русские вывесть» [История Русской церкви / Макарий (Булгаков), митрополит Московский и Коломенский. – Москва: Изд-во Спасо-Преображен. Валаам. монастыря, 1994. Часть V. Глава IV]. В итоге, Исайя Копинский, что называется, своевременно и удачно подогрел прорусские настроения среди православных. Это была фактически предтеча Хмельнитчины.