Прежде всего следует отметить элементы методологии, разработанные и используемые представителями наук о человеке[2](психологии, социально-культурной антропологии, социологии), которые в качестве особого предмета понимания и исследования рассматривают человека как общественное существо. Трактовка сетевых организаций с точки зрения социальных сетей продуктивна и широко используется в современных исследованиях, однако не только обладает преимуществами, давая единую концептуальную основу для исследования структуры сетей любого рода, но и страдает определенной ограниченностью. В частности, для изучения бизнес-сетей она пригодна лишь частично, поскольку не дает полного инструментария для исследования источников конкурентных преимуществ, формирования отношенческих рент, результативности разных видов сетей. Кроме того, этот подход нередко оказывается основой для некорректной абсолютизации феномена, т. е. для формального подхода, когда сетевой называют любую человеческую деятельность, по определению предполагающую взаимодействие с другими акторами, а весь мировой рынок объявляется единой сетью, поскольку через ряд итераций можно проследить косвенные связи для практически любых игроков рынка. Подчеркнем, что формальный подход представляется тупиковым с точки зрения методологии, поскольку не дает возможности выявить сети среди других форм организации современных рынков, не позволяет понять природу сетевой формы, ее преимущества и недостатки в сравнении с другими альтернативами.
Существует мнение, согласно которому сети организаций представляют собой новое экономическое явление, свойственное современному этапу трансформации экономик. Этот подход, который условно можно назвать экономическим подходом, акцентирует внимание на сравнительной эффективности и результативности разных способов координации, конкурентных преимуществах и извлекаемых сторонами рентах. В экономической теории существенное значение имеют такие вопросы, как соотнесение категорий интеграции и дезинтеграции, выделение «чистых» типов сетей и их «пограничных» видов, возможность сравнения различных альтернатив в терминах издержек и т. д.
Экономический подход, в первую очередь институциональная теория и ресурсная концепция, оказал существенное влияние на дальнейшее развитие методологии исследования сетевых форм организации бизнеса. В работах многих современных авторов сети рассматриваются в связи с идеями разных типов контрактации, взаимоотношений «принципал – агент», снижения транзакционных издержек. Что касается ресурсной концепции, то на ней базируется значительный пласт исследований, касающихся динамических способностей и потенциала межорганизационных связей по созданию ценности.