Между тем будущее династии Рюриковичей на российском престоле выглядело не слишком радужным, поскольку детей у Федора не было. В конце лета 1586 г. бояре князья И.П. и А.И. Шуйские стали агитировать за развод царя с бесплодной супругой. Но государь возмутился вмешательством в личную жизнь, и Шуйские были отправлены в ссылку, оказавшуюся, впрочем, недолгой.
В этой ситуации взгляды многих стали обращаться к Дмитрию, хотя в качестве наследника трона его никто еще не называл. Но в субботу 15(25) мая 1591 г. в Угличе произошла трагедия: во время игры «в ножички» царевич Дмитрий погиб. Царица Мария Нагая, узнав о смерти сына, приказала ударить в набат и сбежавшимся горожанам объявила, что царевича убил государев дьяк М. Битяговский. Угличане, набросившись на него, тут же убили его, а затем сына и племянника дьяка.
Угличский кремль. План
В Москве, узнав о событиях в Угличе, направили туда следственную комиссию во главе с кн. В.И. Шуйским. Комиссия прибыла в город 19(29) мая 1591 г. и начала допросы свидетелей. Всего было допрошено более 140 человек. В результате следствия было установлено, что царевич случайно покалечил себя во время игры в результате эпилептического припадка и потери крови. 23 мая (2 июня) царевич был похоронен в местном соборе. К 30 мая (9 июня) следствие было завершено, и 2(12) июня 1591 г. кн. В.И. Шуйский в Москве официально доложил об итогах следствия. После обсуждения доклада бояре признали виновными Нагих. Царицу Марию сослали в Никольскую Выксинскую пустынь на Шексне (близ Череповца), где постригли под именем Марфы. Часть угличан казнили, а остальных сослали в сибирский город Пелым.
Через несколько лет, 6(16) января 1598 г., царь Федор Иванович скончался, и тем самым пресеклась ветвь Рюриковичей, занимавшая московский престол. Вначале бояре, опасаясь междуцарствия, решились принести присягу его жене. Но самостоятельное царствование Ирины с самого начала оказалось неудачным, и уже через неделю после смерти мужа она объявила о своем желании постричься в московском Новодевичьем монастыре под именем Александра. Был спешно собран Земский собор, который 17(27) февраля 1598 г. провозгласил царем ее брата Бориса Годунова. Восшествие на престол сопровождалось рядом различных интриг, и только через несколько месяцев он смог венчаться 3(13) сентября 1598 г. в Успенском соборе Московского Кремля.