Одновременно, учёный часто думал о проблеме «зла» и несправедливости в этом мире, о том почему так много слёз и насилия повсюду, и это было для него чрезвычайно важно. Он читал много философских трактатов самых разных мыслителей, прекрасно знал Канта и всякий раз пытался понять основания гибели и страданий людей, при всеобъемлющей любви Бога. Продолжительная инфекционная болезнь забирает его любимую десятилетнюю дочь Энни, его двухлетний сын умирает за два дня до того, как он сдал свою работу «Происхождение видов» в Британское королевское общество. Можно только представить себе, как всё это было сложно и тягостно для учёного, но несмотря ни на что, он всегда оставался верен идеи Божественного мироздания, хотя и перешёл в конце концов в агностицизм. Он всячески старался познать этот мир на уровне метафизических истин, но при этом никогда не смешивал их со своей научной работой. В одном из писем, он писал: «Что касается моих собственных взглядов, то этот вопрос относится только ко мне. Но, поскольку вы спрашиваете, я могу сказать, что моя позиция, часто, колеблющаяся…но даже в моих самых крайних колебаниях, я никогда не был атеистом, в смысле отрицания существования Бога». Так он всю жизнь искал твёрдую вероубеждённость и ни разу в своём поиски, даже не помышлял идти по пути отрицания Создателя, скорее наоборот, его исследования были нацелены на открытие самого процесса творения в концепции Божественного замысла и недаром в качестве одного из эпиграфов к своей работе, он взял высказывание английского священника Уильямиа Уэвелла, который фактически озвучил мысль исламских фальсафов: «Но по отношению к материальному миру, мы можем допустить, по крайней мере, следующее. Мы можем видеть, что явления вызываются не отдельными вмешательствами Божественной силы, оказывающей своё влияние в каждом отдельном случае, но установлением общих законов». Интересно также, что один из рецензентов «Происхождения видов» написал в своём обзоре: «концепция о том, что Творец создаёт начальное творение, которое затем естественным образом эволюционирует во все нынешние формы жизни, также достойна Бога, как и то, что Он создаёт каждое творение по-отдельности». Дарвин был так впечатлён его словами, что с радостью включил их во второе издание своей книги.