Именно в это сложное время выходит фундаментальный труд Коперника о «гелиоцентрической» системе макрокосмоса, которая полностью противоречила официальной научной доктрине «Папского престола» о «геоцентрической» модели Вселенной, как единственно верной интерпретации акта Божественного творения мира.
Вначале все встретили эту теорию с некой насмешкой. Лидер реформации Мартин Лютер написал, что «теперь каждый старается выдумать что угодно, вот и этот дурак намерен перевернуть верх дном всю астрономию». Церковь же, на первых порах, отнеслась к этому произведению спокойно, тем более, что сам автор, во-первых, был «каноником», то есть членом епархии, а во-вторых, в своём предисловии он указал, что не претендует на изменение общего представления о мироздании, а лишь представляет новый метод для облегчения расчётов местоположения Солнца и Луна. Но уже через 60 лет, в 1603 году трактат войдёт в список запрещённых книг, который сохранится на долгих 200 лет.
С этого момента работу польского астронома запрещается использовать, на него запрещено ссылаться, но эти ограничение восприняли далеко не все. Оказалось, что человеку нельзя запретить мыслить. Так, совершенно невольно для себя, публикуя «Об обращении небесных сфер», Коперник стал спусковым крючком в последующем многовековом, драматическом конфликте между церковью и наукой.
Началось время небывалого взлёта прогрессивной мысли.
В конце XVI века, вдохновлённый идеями Коперника и немецкого философа Николая Кузанского, молодой итальянский священник Джордано Бруно создаёт своё собственное учение о мироздании, в основе которого всё та же «гелиоцентрическая» модель Вселенной. Он выступил с открытой критикой канонической позиции церкви о плоской земли и о «геоцентрической» системе, в результате, в 1600 году в Риме был приговорён «к самому милосердному наказанию, без пролития крови», что означало сожжение на костре. До последней минуты Джордано Бруно предоставлялась возможность публично покаяться и отказаться от своих взглядов, но он был непреклонен и, в конце концов, сожжён.
До этого, в Англии примерно в середине XVI века группа молодых исследователей объединяется в общество, которое вошло в историю науки под названием «оксфордские калькуляторы». Прогрессивные мыслители строили свои расчёты движения небесных тел, которые потом активно использовались последующими учёными.