Кровавый террор над раскольниками как врагами церкви и феодально-крепостнического государства продолжался и был освящен церковным собором 1666/67 г., на который собрались виднейшие представители церкви. Собор во главе с патриархом, сменившим низложенного Никона, оправдал инквизиционные действия против раскольников и подвел под них теоретическое обоснование; противников церкви, ссылаясь на решения первых вселенских соборов, осудили на различные «томления», т.е. казни. В соответствии с решениями этих соборов еретиков избивали воловьими жилами, им резали языки, руки, ноги, возили с позором по городу, а затем бросали в тюрьмы, где содержали до самой смерти. Ссылаясь на эти примеры, церковный собор требовал подвергнуть тяжким наказаниям и раскольников. Считая сторонников старой веры «хищными волками, на стадо Христово нападающими», и предавая их церковному проклятию, собор призывал казнить раскольников смертью. Для борьбы с расколом в 1681 г. вновь созвали церковный собор во главе с патриархом Иоакимом. Постановления собора стали послушно выполняться, и 1 апреля 1681 г. на площади в Пустозерске сожгли в срубе раскольнических учителей протопопа Аввакума, Лазаря, Епифания и Никифорова, томившихся в местной тюрьме. По настоянию патриарха Иоакима в 1684 г. сожгли видного расколоучителя Федора Михайлова. Один из выдающихся раскольнических учителей Никита Пустосвят, как отмечает постановление церковного собора, был «главосечен и в блато ввержен, и псам брошен на съядение».
Борясь с расколом казнями и пытками, духовное ведомство прибегало также и к идеологическому воздействию на массы. По поручению московского патриарха Иоакима противников церкви подвергали проклятиям и анафеме. Духовные власти издавали специальную литературу, которая ставила своей целью посрамить врагов царя и церкви, вызвать к ним всеобщую ненависть и презрение.
Ближайший помощник Петра, нижегородский епископ Питирим в 1706г. подробно разработал программу по борьбе с антицерковным движением. Называя «церковных мятежников» государственными преступниками, которые «благочинию государственному не радуются», «на церковь вси злобою согласны», Питирим предлагал хватать их, наказывать смертью, а деревни уничтожать. Будучи нижегородским епископом, он организовал крестовый поход против раскольников, добиваясь насилиями и угрозами массового возвращения их в православие. В Нижегородском крае, где особенно чувствовался феодально-крепостнический гнет, отступников от официальной церкви было очень много – в 1718-1724 гг. их насчитывалось 122 тысячи. Питирим лично вел допросы раскольников с пристрастием, пытал их в архиерейской тюрьме, подвергал «градскому» наказанию с вырезыванием ноздрей. Таким образом, как хвалился Питирим, в православие было обращено свыше 68 тысяч человек. Спасаясь от гонений этого инквизитора, 12701 человек бежали, 1585 – не выдержали пыток и истязаний и умерли, 598 были сосланы и отправлены на каторгу. По инициативе Питирима раскольничьи поселения, скиты и монастыри разорялись. Даже за рубежом раскольники не чувствовали себя в безопасности от свирепого инквизитора. В 1715 г. по его настоянию был разорен раскольнический центр Ветка, куда бежали из России раскольники, беглые «сходцы», спасаясь от преследований и в поисках работы. Так меч духовный, соединившись с мечом светским, беспощадно расправлялся с противниками официальной церкви. Этого жестокого инквизитора благодарная церковь объявила «святым» и с большим торжеством организовала его «прославление», сфабриковав предварительно описание 260 «чудес», якобы совершившихся у его гроба.