Сразу после обсуждения необходимости реформ в «Наказе» был поднят вопрос о наказаниях за нарушение законов. По мнению императрицы, при проведении реформ можно было ожидать сопротивления снизу в виде нарушения новых законов. Это сопротивление, которое таковым нигде не названо, она надеялась сдержать законодательно установленными наказаниями. В статьях 61–96 рассматривалась идеальная система наказаний. Основное положение «Наказа» заключалось в том, что наказание не должно произвольно назначаться ни государем, ни судом, а должно «происходить… от самой вещи», то есть из характера данного преступления. Любое наказание, назначенное не по необходимости, по определению является «тиранским» [Екатерина II 1907б: 14].
Согласно «Наказу», существует четыре вида преступлений: преступления против веры; преступления против нравов; преступления против общественного спокойствия; преступления против безопасности личности. Дела по преступлениям против веры (например, богохульство), как считала Екатерина, должны решаться церковью путем отлучения или изгнания преступников из храмов. Здесь она вслед за Монтескьё пыталась разделить церковь и государство. В статье 74, посвященной религиозным преступлениям, императрица прибегает к ухищрениям, не упоминая ни многоконфессиональный характер Российской империи, ни принцип веротерпимости [Екатерина II 1907б: 14]. За преступления против нравов Екатерина назначает наказания преимущественно морального характера: всенародное бесчестие, стыд, изгнание из города и общества. Единственным материальным наказанием здесь были денежные штрафы, но осталось неясным, должны ли эти штрафы налагаться частными обществами или государством. По общему правилу, «преступления» против нравов должны были рассматриваться как незначительные нарушения обычаев, не имеющих юридической силы [Екатерина II 1907б: 16].
Преступления против общественного спокойствия, однако, подпадали под несомненную юрисдикцию государства. Наказания за такие преступления – «ссылка, исправления и другия наказания, которыя безпокойных людей возвращают на путь правый, и приводят паки в порядок установленный» [Екатерина II 1907б: 17]. Екатерина полагала, что преступления против безопасности личности являются серьезными, поскольку они посягают на саму основу социального порядка, то есть наносят ущерб тем людям, которым государство призвано обеспечить «самое большое добро». По мнению Екатерины, наказание за подобное преступление должно быть зеркальным по отношению к самому преступлению. Если один человек нарушил покой другого, тогда преступника следует самого лишить покоя, то есть посадить его в тюрьму. Если один человек крадет у другого, то его следует лишить имущества. В целом, по мнению Екатерины, преступление против собственности не заслуживает смертной казни, а требует наказания «из свойства вещи», то есть конфискации имущества злоумышленника либо телесного наказания, если у преступника не было собственности [Екатерина II 1907б: 17–18]. Екатерина колебалась по поводу логического следствия из ее теории зеркального наказания: если злоумышленник убивает монаршего подданного, он тем самым сам лишается права на жизнь.