Учитывая репутацию Екатерины как последовательницы философов, она уделила довольно мало внимания вопросам образования. Этой теме посвящена лишь короткая глава 14 (статьи 347–355). Екатерина сразу признала, что «невозможно дать общаго воспитания многочисленному народу, и вскормить всех детей в нарочно для того учрежденных домах» [Екатерина II 1907б: 103]. Воспитание она предлагала возложить в основном на семью и ограничить его простыми нравственными правилами. В «Наказе» говорилось: «Всякий обязан учить детей своих страха Божия как начала всякаго целомудрия, и вселять в них все те должности, которых Бог от нас требует в десятословии своем, и православная наша восточная греческая вера во правилах и прочих своих преданиях». Помимо преподания детям этих общих наставлений, главы семейств должны были «вперяти в них любовь к отечеству, и повадить их иметь почтение к установленным гражданским законам, и почитать правительства своего отечества» [Екатерина II 1907б: 103–104].
Если не читать «Наказ» далее, можно было бы подумать, что императрица забыла о многоконфессиональном населении России, но в главе 20 она внезапно обращается к этому факту общественной жизни. В статье 494 Россия описывается как обширная империя, где живут разнообразные народы, и поэтому «весьма бы вредный для спокойствия и безопасности своих граждан был порок, запрещение или недозволение их различных вер». «Наказ» предостерегал от религиозных преследований, которые только раздражают верующих, тогда как «…дозволение верить по своему закону умягчает и самыя жестоковыйныя сердца, и отводит их от заматерелаго упорства, утушая споры их противные тишине Государства и соединению граждан» [Екатерина II 1907б: 134]. Однако, как можно было догадаться, Екатерина не ставила своей целью бесконечное существование этого религиозного многообразия. Она заявила: «И нет подлинно инаго средства кроме разумнаго иных законов дозволения, православною нашею верою и политикою неотвергаемаго, которым бы можно всех сих заблуждших овец паки привести к истинному верных стаду» [Екатерина II 1907б: 134]. Екатерина не пытается примирить свою систему воспитания, основанную на Десяти заповедях и православии, с наличием в России бесчисленного количества семей, которые не были ни православными, ни даже христианами.