Говоря о роли духовенства в жизни каджарского государства, невозможно обойти вниманием эпизод, связанный с выдачей и отменой табачной концессии. Необходимость пополнения казны в эпоху колониализма толкала Каджаров к выдаче концессий – эксклюзивных прав на разработку той или иной отрасли хозяйства, промышленности или инфраструктуры. Взамен обладатель концессии обязался регулярно платить в казну определенную сумму денег. Концессии выдавались на разработку рыбных промыслов, строительство дорог, открытие банков. В марте 1890 года концессия на разработку табачных промыслов была выдана британскому майору Тальботу – ее условия позволяли майору регулировать закупочные цены на табак. Это, в свою очередь, вызвало негодование торговой среды, которая традиционно имела тесные связи с духовенством. Против концессии начались протесты, которые достигли своего апогея после вмешательства представителя духовенства. Ведущий на тот момент религиозный авторитет Ирана Мирза Мохаммед Ширази издал фетву (богословско-правовое решение), объявлявшую курение табака смертным грехом. В результате иранцы стали массово отказываться от полюбившегося многим из них табака, а выступления против концессии только расширились. В результате в 1892 году шах вынужден был отменить концессию, после чего Ширази отменил фетву. Эти события продемонстрировали, как быстро религиозный авторитет духовенства может трансформироваться в авторитет политический.
Исключительная сложность устройства элит каджарской эпохи, их гетерогенность и многоликость усложняли попытки проведения модернистских реформ, в которых нуждалось государство. Наиболее масштабная среди них относится к середине XIX века – ее вдохновителем был министр Мирза Таги-хан Фарахани (1807–1852) по прозвищу Амир Кабир. Иранский реформатор провел несколько лет в Османской империи эпохи Танзимата – модернистских реформ, которые и вдохновили его на преобразования в Иране. У Амир Кабира было множество противников, которые противодействовали и ему самому, и его начинаниям (противники добились его отстранения, ареста, а затем и умертвили его), однако одному из достижений суждено было оказать значительное влияние на иранскую интеллектуальную жизнь второй половины XIX – первой половины ХХ века. По приказу Амир Кабира был основан Дар оль-Фонун – первое иранское высшее учебное заведение университетского типа, которое должно было ковать кадры для новой модернистской политики. Создано оно было по образцу одноименного османского заведения и в итоге стало alma mater для целой плеяды иранских интеллектуалов.