К правоотношениям, возникшим из этих договоров, применяются общие положения о подряде, если это не противоречит нормам главы 38 ГК, а также особенностям предмета НИОКР (ст. 778 ГК).
Основное отличие НИОКР от подряда состоит в том, что результат выполняемых по ним работ не гарантирован. По умолчанию риск случайной невозможности исполнения таких договоров несет заказчик (п. 3 ст. 769 ГК), однако исполнитель обязан незамедлительно информировать заказчика об обнаруженной невозможности получить ожидаемые результаты или о нецелесообразности продолжения работы (ст. 773 ГК).
Значение личности исполнителя зависит от вида договора: НИР по умолчанию должны выполняться исполнителем лично, тогда как к выполнению ОКР исполнитель по умолчанию может привлекать третьих лиц в качестве субподрядчиков (ст. 770 ГК).
С учетом специфики договоров НИОКР ответственность исполнителя перед заказчиком ограничена. По умолчанию исполнитель возмещает заказчику убытки, причиненные нарушением договора, в пределах стоимости работ, в которых выявлены недостатки, если договором не предусмотрено, что они подлежат возмещению в пределах общей цены договора. Упущенная выгода возмещается исполнителем заказчику только в случаях, предусмотренных договором (п. 2 ст. 777 ГК).
Как и в случае с договором подряда на выполнение ПИР, исполнитель по договору НИОКР по умолчанию вправе использовать полученные результаты работ для собственных нужд (п. 2 ст. 772 ГК).