Исаак начал войну лейтенантом, командиром роты в резервном батальоне пехоты, мобилизованном и переброшенном из Вильно на западную границу. Немецкие механизированные колонны их просто обошли и помчались дальше на восток. Война была реально проиграна в течение считаных дней, но офицеры подразделения решили продолжать борьбу и прорываться на помощь столице, где продолжались бои. Связь с Верховным командованием армии была утеряна, и они ориентировались в положении, слушая общее радио, которое сообщало о поражениях и отступлениях польских войск. Правительство и Верховное командование армии бежали из столицы и далее через румынскую границу.
За спиной у главных сил немцев отряд Исаака продолжал двигаться с боями к Варшаве. Он состоял из батальона пехоты и роты «спешенных» пилотов – пилотов, для которых не нашлось самолетов и которые потому сражались в пешем строю. По пути они уничтожили созданный немцами в польском поместье полевой аэродром и сожгли самолеты на нем, а также удачно атаковали несколько мелких немецких гарнизонов, которые никак не ожидали появления польского отряда, готового продолжать борьбу. Когда 17 сентября 1939 года советская армия, перейдя границу, ударила в спину польской армии, реализуя план раздела Польши между Германией и СССР, командир отряда и часть офицеров и пилотов решили уходить к румынской границе, чтобы далее добираться до Франции. Согласно сообщениям, передаваемым по радио, во Франции начали формироваться альтернативное польское правительство и армия под руководством Владислава Сикорского – до тех пор военного атташе Польши во Франции. После поражения Франции правительство и отряды Сикорского перебазировались в Англию, где польские пилоты сыграли свою роль в воздушной Битве за Англию.
Как добрый пример польского донкихотства, командир отряда написал уже не существовавшему командованию армии представление Исаака к ордену Vertuti Militari за отвагу в бою у аэродрома. Далее некоторые из офицеров и пилотов, как и сам командир отряда, двинулись к румынской границе, а большинство бойцов решили возвращаться в родные края. Командир передал командование Исааку, а тот довел отряд до территории, которую к тому времени заняла Красная армия. Там он распустил их с напутствием: переодеться в гражданское платье и пробираться домой. Большинству офицеров удалось выполнить это, так что никто из них не попал в Катынь, где 5 марта 1940 года по приказу Сталина были расстреляны 22 тысячи поляков.