Он принял участие в войне между Ассизи и Перуджей, был взят в плен, но не утратил уверенности в своем великом будущем. Вернувшись из плена, он стал вести прежний образ жизни, а вскоре вместе со своими молодыми друзьями присоединился к отряду одного из кондотьеров, надеясь заслужить рыцарское звание. Но ужасы войны, гибель и разорение мирных жителей отвратили его от честолюбивых намерений, и Франциск возвратился в Ассизи.
Событием, ускорившим перелом в его жизни, было столкновение с отцом. Франциск испытывал к ветхим и заброшенным церквям жалость, как к одушевленным существам. Желая восстановить полуразвалившуюся церковь св. Дамиана, он принес часть совместно с отцом нажитых денег священнику, а когда тот, боясь гнева отца Франциска, отказался принять их, Франциск бросил свой кошелек за окно и остался при церкви.
Когда Франциск вернулся домой, отец избил его и запер; но в отсутствие отца мать отпустила сына, и он навсегда ушел из родительского дома. Пьетро обратился к властям с требованием возвратить ему сына, однако на суде Франциск объявил, что впредь будет считать отцом своим не Пьетро Бернардоне, а Небесного Отца. В знак полного отречения от мира Франциск здесь же снял с себя полученную от отца одежду.
Два года провел Франциск в окрестностях Ассизи, занимаясь починкой церкви, живя подаяниями или работая на крестьян. Многие стали считать его помешанным, над ним жестоко издевались, но вскоре к его бедному житью начали присоединяться и другие люди. В одежде странников они ходили по соседним городам и деревням, призывая к миру и покаянию. На вопрос, кто они такие, они называли себя «ликующими в Господе» или «шутами Господа».
* * *
Число последователей Франциска увеличивалось, и он отправился в Рим просить у папы, которым был тогда Иннокентий III, официального разрешения на свою деятельность. Знаменательный момент в истории представляет собой встреча этих двух людей: с одной стороны, наместник Христа, ставший владыкой мира, раздававший царские короны, представитель авторитета и власти, – а перед ним последователь Христа, босоногий нищий, в одежде пастуха, проповедник любви и смирения. О самой встрече не сохранилось точных известий, но она сильно занимала воображение современников и породила много характерных рассказов.