В структуре было два функциональных отдела, отвечающих за взрывное дело и разработку средств террора и диверсий. В 1943 г. функции этих отделов объединяются в один 6-й отдел; создаются два новых функциональных отдела:
♦ 5-й отдел: спецподготовка и связь, парашютно-десантная служба, радиосвязь и подготовка радистов, обучение применению спецсредств, лаборатория по производству и испытанию специальных ядов и токсинов;
♦ 7-й отдел: наружное наблюдение, обыски и аресты, следствие; изготовление документов и др.
Создание 5-го отдела было обоснованным, так как для осуществления разведывательно-диверсионных операций в тылу врага требовались дополнительные спецсредства, разработка методик обучения агентуры, средства радиосвязи и заброски групп в тыл врага. Наличие 7-го отдела было связано с обеспечением контрразведывательных функций, что, на наш взгляд, было избыточным дублированием, так как достаточно было осуществлять координацию по вопросам контрразведки с новыми органами контрразведки: Главным управлением контрразведки «Смерш» Народного комиссариата обороны СССР, Управлением контрразведки «Смерш» Народного комиссариата Военно-Морского флота СССР, Отделом контрразведки (ОКР) «Смерш» НКВД СССР. Координация разведывательно-диверсионной деятельности 4-го управления с ОКР НКВД СССР позволила бы 4-му управлению больше сосредоточиться на решении боевых задач в тылу врага. К 1944 г. в распределение территорий между линейными отделами начинают включать Германию и оккупированные ею страны, а также ее сателлитов, которые на тот момент являлись тылом немецко-фашистских войск. Функциональные отделы не меняются.
В рамках организационной структуры подразделений, осуществляющих операции в тылу врага, в самом начале войны, 26 июня 1941 г., было сформировано специальное подразделение, предназначенное для организации партизанских отрядов, рейдов в тыл врага, обучения партизан и диверсантов, – Отдельная мотострелковая бригада особого назначения (ОМСБОН). Собственно, изначально формировалась еще не ОМСБОН, а создавались войска Особой группы НКВД СССР. Формирование шло при стадионе «Динамо» в Москве. Войска были сведены в пять отрядов (приблизительно по 100 человек в каждом) и саперно-подрывную роту (численность – около 90 человек).
Рассмотрим организационную структуру войск НКВД. Изначально, до создания ОМСБОН, ее представляли: