По смерти Алексея Михайловича продолжателем всех его начинаний в отношении устройства и украшения дворца в новом характере был сын его, царь Федор, который в недолгое царствование, продолжавшееся с небольшим 6 лет, по выражению надписи на его портрете, преизрядчо обновил дворец и расширил новыми постройками. Новые отделения во дворце были необходимы. Царь Алексей Михайлович оставил после себя многочисленное семейство, которое еще при нем требовало более обширного помещения. По вступлении же на престол сына его Федора, занявшего жилище своего отца, потребовалось отделить особые хоромы для вдовствующей царицы Натальи Кирилловны с малолетним ее сыном – царевичем Петром. Поэтому замышляли, по проискам сторонников царевны Софьи и родичей дома Милославских, выселить царицу с царевичем Петром из старого ее помещения, находившегося возле Теремного дворца с северной его стороны, на внутреннем или Заднем дворе дворцовых зданий. 26 октября 1677 г. уже последовал царский указ построить царице и царевичу новые хоромы на месте двора боярина Семена Лукьяновича Стрешнева[57]. Этот двор, занимавший 104 сажени в окружности, находился подле Конюшенного Патриаршего двора и примыкал с одной стороны к Троицкому подворью, а с другой – к житницам, стоявшим на Хлебенном государевом дворце. Он был удален от Теремного дворца более чем на 50 саж. Однако царица не согласилась на переселение и осталась на своем старом месте. Крекшин рассказывает, что царевич Петр сам ходил к царю-брату жаловаться на нового Годунова, боярина Языкова, который старался устроить это переселение[58]. После того на стрешневском месте были выстроены сначала деревянные, а потом каменные хоромы для царевен, а затем и для вдовствующей супруги царя Феодора Марфы Матвеевны. Новые хоромы, построенные на этом месте, примкнув к Патриаршему двору, соединили сенные церкви Екатерининскую и Евдокеинскую и вообще нынешний Терем с хоромами царевен возле Троицкого подворья. Потом, в 1680 г., государь как для себя и своей супруги, так и для своих сестер, Меньших и Больших царевен, выстроил новые деревянные хоромы вместо старых, которые были разобраны. Государевы хоромы стояли у терема подле западной стены Евдокеинской теремной церкви; сюда же перенесены были и хоромы царицы, и перед хоромами был разведен комнатный сад, а дальше, как упомянуто, тянулся ряд хором царевниных, тоже с садом. На сенях у царевен, кроме перестройки их хором, государь возобновил церковь Спасова Нерукотворенного Образа и построил над ее трапезою новый храм во имя Успения Богоматери, освященный в день Успения, 15 августа 1680 г. В 1681 г. государь выстроил для своего брата Ивана Алексеевича также новые деревянные хоромы.