Когда в июне 1953 г. Первого заместителя Председателя Правительства СССР и, одновременно, министра внутренних дел СССР Л.П. Берия арестуют, под подозрения попадут все его заместители, назначенцы и близкие сотрудники. Большинство будут арестованы и позднее расстреляны вместе с ним, другие будут осуждены на длительные сроки заключения в тюрьме, третьих уволят из органов.
Против А.С. Панюшкина не нашлось компрометирующих материалов, либо он принадлежал к «лагерю победителей», и он был оставлен в разведке. Возглавляя разведку, А.С. Панюшкин обращает внимание на аналитическую и информационную составляющие спецслужбы, – лаконизм, четкость формулировок, максимальная достоверность информации, ясность выводов и рекомендаций, вот то, на что он постоянно указывает коллегам.
Освещая работу А.С. Панюшкина в тот период, мы не может пройти мимо того обстоятельства, что в соответствии с решением руководства партии А.С. Панюшкин, как один из представителей ЦК КПСС в органах госбезопасности, возглавил комиссию по переаттестации работников, главной целью деятельности которой было выявление и увольнение из органов «сторонников и креатур клики Берия». Думаем, что Александр Семенович, полностью отдавал себе отчет, что разведка – это внешнеполитический инструмент партии и аппарат в структуре власти, а новое время и пришедшее руководство неумолимо диктовали свои правила, требуя подчинения.
«Мне довелось работать с А.С. Панюшкиным два года, – вспоминал позднее будущий резидент в Нью-Йорке, – его богатейший практический опыт работы, доскональное знание американской специфики и реальных расстановок сил в политических, экономических и общественных кругах были для нас бесценными, а он щедро делился ими. При оценке политических событий и оперативной обстановки он видел перспективу их развития, задачи и инструментарий, вытекающие из них как для разведки, так и для внешнеполитических мероприятий в масштабе страны. В условиях политической борьбы в руководстве партии он своим авторитетом защитил нас, основной костяк разведки, от необоснованных подозрений и упреков. Как профессионал, он понимал губительность для разведки ее вовлечение во внутриполитические интриги».
Когда в марте 1954 г. был образован Комитет государственной безопасности при Совете министров СССР