.
В мае 1935 г. Александр Панюшкин был зачислен и приступил к обучению на Восточном факультете[3] Военной Академии РККА им. Фрунзе. Кроме двух обязательных языков, слушатели углубленно изучали географию (страноведение), цикл социально-политических и экономических наук, ведение войны на любых театрах военных действий, специальные (разведывательные) дисциплины, а также иные предметы, предусмотренные общей программой Академии, чтобы выпускаемые специалисты в то же время являлись бы и генштабистами, получившими соответствующую высшую военную подготовку для службы в Генеральном штабе, с пониманием современных военных тенденций и способных добывать информацию, отражающую реальную военно-политическую ситуацию в регионе работы.
После завершения обучения в августе 1938 г. Александр Панюшкин направляется для прохождения дальнейшей службы в 5‑й (иностранный) отдел ГУГБ НКВД СССР, помощником начальника отделения (после репрессий и чисток по всей стране проходил «партийный набор», Л.П. Берия набирал молодых коммунистов и комсомольцев для работы в органах госбезопасности). В тот первый раз он прослужил в разведке только 3 месяца, решением руководства был переведен и назначен исполняющим обязанности, а через несколько недель начальником 3‑го (оперативного) спецотдела всего Наркомата. 20 декабря 1938 г. А.С. Панюшкина за беспощадную борьбу с контрреволюцией награждают высшей ведомственной наградой «Почетный работник ВЧК-ГПУ (XV)». Именно Александр Панюшкин разрабатывал и реализовывал оперативные мероприятия, в том числе проведение ареста 10 апреля 1939 г., в отношении бывшего Народного комиссара внутренних дел СССР, генерального комиссара госбезопасности Н.И. Ежова.
По итогам переаттестации, полковнику А.С. Панюшкину 30 апреля 1939 г. было присвоено специальное звание – старший майор государственной безопасности (соответствовало воинскому званию комдива РККА).
Для нас остается загадкой, какие именно личные и профессиональные качества послужили основанием для руководства страны, но оно остановило свой выбор именно на А.С. Панюшкине при рассмотрении кандидатов на ответственный пост в Китае. Ряд исследователей считают, что именно в этот период был взят курс на выдвижение новых, молодых, кадров на руководящие посты. Многих вновь назначаемых полпредов и резидентов И.В. Сталин принимал лично.