Работы по строительству в Иркутске тюремного острога позволили выявить и собрать вместе многих хороших мастеров: каменщиков, плотников, кузнецов. Этому способствовало и распоряжение губернатора, касавшееся тех переселенцев, которые проработали на строительстве более 2 месяцев. В «облегчение участи» их было велено причислять в ближайшие волости губернии. 15 июня 1861 года были освидетельствованы и признаны законченными работы на строительстве помещения для конторы, квартиры для Смотрителя острога и каменной ограды. Еще раньше, в апреле 1858 года, была построена и передана в ведение Полицмейстера баня с прачечной. Однако, как доносили губернатору в ноябре 1861 года, «перевод арестантов во вновь выстроенный острог из временно занятых помещений останавливается за не освидетельствованием оного».
Иркутская тюрьма была введена в действие в декабре 1861 года, когда сюда были переведены арестанты. Но несмотря на все усердие строителей, не удалось избежать недостатков. Спустя несколько лет после начала эксплуатации новой тюрьмы, обозреватель газеты «Сибирь» писал следующее: «…самое здание замка, построенное на болотистом месте, и, как полагают, само по себе непрочное, нередко подвергалось повреждениям: то отваливалась штукатурка, то портились балки потолков, так что их приходилось поддерживать подпорками; даже каменная ограда замка два раза обрушивалась».
Во всех недочетах строительства обвинили самих арестантов, которых задействовали на сооружении замка («непрочность постройки острога объясняют тем, что строился он наскоро, арестантами»). Можно только гадать, каким образом в 1861 году было осуществлено «освидетельствование оного острога». После ввода в эксплуатацию в остроге еще долгое время проводили различные ремонтные работы.
Возникла и другая проблема: новый острог строился на 450 человек («соответственно этому рассчитаны в нем больница, баня и кухня»), а фактическое количество заключенных «постоянно и в значительных размерах превышало цифру 450 и порою достигало до 2000 человек». «При таком скоплении заключенных, приходилось, для удовлетворения насущных их потребностей, почти беспрерывно топить печи в кухне и бане, от чего и печи и здания подвергались порче, а это вело к неизбежным и экстренным расходам».
За период с 1867 по 1873 годы на ремонт тюрьмы были потрачены 9534 рубля 89 ¾ копеек. В числе общих расходов значились «употребленные в 1868 г. на вставку стекол, исправление форточек и женского отделения, 371 руб. 65 ½ коп., в 1869 г. на исправление полов в секретном отделении, крыши над ретирадой, бани, печей и на постройку двора для дров 1135 руб. 3 ¾ коп., в 1870 г. на настилку полов в коридорах замка и кухне, еще на исправление женского отделения и проч. 1467 руб. 67 ½ коп., в 1872 г. на исправление больницы, флигелей, банной печи и проч. 617 руб. 74 коп.»