До перестройки в правом крыле размещались камеры с 12 по 15, на их месте можно было разместить 20 одиночек, расположенных вдоль существующего коридора, темный карцер, помещение для надзирателей и кладовую. Чтобы выполнить этот проект, пришлось снять над всем крылом железную крышу, разобрать полы и печи.
На время работ часть арестантов из переоборудуемого корпуса перевели в Александровский централ, а оставшихся разместили в фасадном корпусе иркутской тюрьмы и помещениях, занятых складами вещей.
В августе 1903 года работы закончились, и 22 числа осуществлен их осмотр. Было «признано, что все постройки внутри и снаружи произведены быстро, вполне хорошо и щеголевато, из доброкачественного материала… 20 одиночных камер устроены в правом от ворот фасе тюрьмы, окнами по одному в камере, выходящими на северо-запад, в подсудимый двор внутри тюрьмы…».
Одним из основных факторов, оказывавших отрицательное воздействие на сохранность построек и вызывавших необходимость частых ремонтов, был высокий уровень почвенных вод. Уже через год от Смотрителя тюрьмы поступила жалоба на крайнюю сырость во вновь выстроенных помещениях. Для просушки здания с обеих сторон пришлось снять штукатурку.
В 1910 году начался новый этап строительных работ. Переустройства, намеченные к проведению, носили настолько широкий характер, что можно говорить о полной реконструкции комплекса.
К этому времени иркутская тюрьма состояла из разных отделений, размещенных в 26 зданиях, частью деревянных, частью каменных и расположенных в виде трех отдельных усадеб, отстоящих на 40–50 саженей одна от другой. Несмотря на то, что все они были огорожены единой наружной оградой, осуществлять караульный надзор, при незначительном составе караульной стражи, было весьма сложно.
В начале 1912 года иркутский губернский тюремный инспектор предоставил на рассмотрение губернатора свой проект переустройства тюрьмы. Основным принципом при постройке новых и переустройстве существующих зданий он определил «стремление к возможно большей концентрации всех отделений собственно тюрьмы, занятой арестантами, что облегчало бы административное управление, надзор и окарауливание тюремных зданий, а с другой стороны – стремление к некоторой изолированности зданий, приспособленных для квартир чинов тюремной администрации и надзора, и зданий для хозяйственно-административных потребностей».