В те времена, чтобы попасть в Вест-Индию, нужно было обогнуть Африку. У западных ее берегов на флотилию обрушился ураган.
Второго апреля прибыли на остров Порту-Санту, затем на Мадейру, шестого апреля – на Канарские острова, после этого при лившем непрерывно дожде начался полный штиль. Течением корабли отнесло назад, к северу.
При полном штиле стояла мучительная жара. На кораблях появилось много больных. Только на «Санта-Изабелле» более сотни больных лежало на палубе и в каютах, стеная от боли. Родригес и его спутники вместе с матросами ухаживали за больными, помогали делать кровопускание.
Двадцать пятого июля, в день святого Иакова, корабли обогнули мыс Доброй Надежды. В тот день опять налетел сокрушительный ураган. На «Санта-Изабелле» сломалась грот-мачта, с громким треском рухнув на палубу. С трудом удалось убрать паруса, чтоб уберечь их от гибели, для чего пришлось призвать на помощь не только Родригеса с товарищами, но и всех больных. Вслед за тем судно наскочило на риф. Не приди на выручку другие суда, возможно, «Санта-Изабелла» пошла бы ко дну.
После шторма снова начался штиль. Паруса бессильно свисали с мачт, отбрасывая не дающую прохлады, бесполезную мрачную тень на больных, неподвижно, как мертвецы, лежавших на палубе. День за днем под раскаленным солнцем сверкала ровная морская гладь без малейших признаков ряби. Стала ощущаться нехватка продовольствия и пресной воды. В таком плачевном состоянии девятого октября флотилия наконец-то достигла Гоа.
В Гоа друзьям удалось получить гораздо более точные сведения о Японии: в январе того года, когда они покинули Португалию, в Симабаре вспыхнуло восстание христиан, в котором участвовало тридцать пять тысяч человек, но после тяжелых боев с правительственными войсками восставшие, мужчины и женщины, юноши и старики, были беспощадно истреблены, так что в результате Симабара, район восстания, почти полностью обезлюдела, а уцелевшие христиане подвергаются поголовным гонениям. Но самым тяжелым ударом было известие, что после этой войны Япония прервала торговлю с Португалией, запретив португальским судам появляться в японских водах.
Узнав, что кораблей, плывущих в Японию, отныне не будет, друзья, близкие к отчаянию, все же добрались до Макао. В стремлении Португалии на Восток этот город служил ей опорным пунктом, базой для торговли с Японией и Китаем. Друзья прибыли сюда в надежде, что счастливый случай поможет им пробраться в Японию, но услышали недвусмысленное предостережение апостолического делегатория падре Валиньяно. «Отныне миссионерская деятельность в Японии безнадежна, – сказал он, – мы не считаем возможным отправлять миссионеров в Японию, это слишком опасно».