В это сложное первое постсоветское десятилетие важнейшим связующим звеном между двумя странами и кинематографиями – российской и азербайджанской – стал выдающийся сценарист, драматург, писатель, продюсер Рустам Ибрагимбеков, ныне профессор, руководитель сценарной мастерской во ВГИКе, автор сценариев (совместно с Валентином Ежовым) культового советского истерна «Белое солнце пустыни» (1969) Владимира Мотыля и тонкой, пронзительной мелодрамы Романа Балаяна «Храни меня, мой талисман» (1987). В 1990-е годы Рустам Ибрагимбеков плодотворно работал с российскими кинематографистами. Особый успех сопутствовал его сотрудничеству с Никитой Михалковым.
Основа дружбы двух ярких кинематографистов была заложена ещё в начале 70-х годов – по сценарию Ибрагимбекова Михалков снял дипломную работу «Спокойный день в конце войны». Спустя 20 лет результатом их совместного творчества стал ряд картин, получивших международное признание: притча «Урга. Территория любви» (1991) получила «Золотого льва» Венецианского фестиваля, драма «Утомлённые солнцем» (1994) завоевала «Оскар» в номинации «Лучший фильм на иностранном языке», а за сценарий к масштабной исторической мелодраме «Сибирский цирюльник» (1998) Рустам Ибрагимбеков был награждён Государственной премией Российской Федерации в области литературы и искусства.
С 1989 года Рустам Ибрагимбеков активно занимается продюсерской деятельностью. На его счету в качестве продюсера ряд значительных картин: «Такси-блюз» (1990, реж. Павел Лунгин), «Дюба-дюба» (1992, реж. Александр Хван), «Увидеть Париж и умереть» (1992, реж. Александр Прошкин), «Семь дней после убийства» (1991, реж. Расим Оджагов), «Человек, который старался» (1998, реж. Рустам Ибрагимбеков), «Кочевник» (2004, реж. Иван Пассер, Сергей Бодров-старший), «Александр. Невская битва» (2008, реж. Игорь Каленов), «Мой Дагестан. Исповедь» (2014, реж. Мурад Ибрагимбеков) и др.
В 2000-е годы количество выпускаемых в республике фильмов несколько увеличилось. В основном кинематографисты сосредоточились на производстве комедий и мелодрам, события в которых происходят в среде азербайджанской молодёжи: «Три девушки» (реж. М. Ибрагимбеков, 2007), «Урок благородства» (реж. Р. Гасаноглу, 2007), «Интерпапа» (реж. Н. Агаев, 2006), «Абсурдистан» (реж. В. Хелмер, 2008). Помимо этого на экраны выходит большое количество боевиков. Также снимаются психологические драмы, например: «Участок» (реж. И. Сафат, 2010), «Актриса» (реж. Р. Исах, 2011), «Buta» (реж. И. Наджаф, 2011) и другие. Эти годы отмечены и международными успехами. Так, Мурад Ибрагимбеков – представитель второго поколения знаменитой кинематографической династии – уже во время учёбы во ВГИКе снял несколько работ, которые были представлены на международных киносмотрах: курсовая «Фундуклей» по мотивам рассказов Альберто Моравиа и диплом «Один для всех» вошли в программы фестивалей «Первый кадр» (Франция) и «Кино молодости» (Испания). В 2003 году режиссёр получил «Серебряного льва» в конкурсе короткометражных фильмов Венецианского кинофестиваля за 6-минутную картину «Нефть». Лента стала первой частью кинотрилогии, в которую также вошли «Цивилизация» (2009) и «Человечество» (2015). Фильм «40-я дверь» режиссёра Э. Мусаоглу – драма о четырнадцатилетнем мальчике Рустаме из Баку, который изо всех сил пытается осуществить свою мечту – стать музыкантом, – в 2008 году на Международном Хьюстонском фестивале победил в номинации «Лучший иностранный фильм».