По рождению Лейкин принадлежал к старинному купеческому роду, внесенному в книги петербургской купеческой управы еще в 1784 году. «Прадед мой был пирожного торга, дед – галантерейного торга… имел лавку в Гостином дворе и сильно пострадал во время наводнения 1824 года», – вспоминал писатель. Купечество в XIX веке делили на «полированное» и «неполированное» – то есть получившее некоторое образование или обходившееся без него. И предки Лейкина, и он сам были, безусловно, купцами «полированными»: дед писателя, по воспоминаниям внука, был человек «прилично грамотный, носил фрак, служил по выбору в сиротском суде и состоял даже членом Немецкого клуба, куда ходил очень часто играть в карты». Отец, Александр Иванович, унаследовав на паях с братьями лавку в Гостином дворе, вскоре разорился и поступил приказчиком в иностранную торговую фирму Герике. Служащие таких фирм считались в купеческой среде аристократами.
Жили Лейкины на Владимирской улице (ныне одноименный проспект), недалеко от церкви Владимирской иконы Божьей Матери, прихожанами которой они были; подростком Николай пел там на клиросе. В 1840-е годы этот район еще не был застроен многоэтажными домами, тут встречались огороды, пруды и березовые рощи. Небогатая семья долгие годы не могла себе позволить снять дачу, и летом выезжали «на природу» – на Крестовский остров или в Екатерингоф. Журналов и газет купечество не выписывало, и первая встреча Коли Лейкина с литературой произошла в театре: на Рождество смотрели мелодраму Виктора Дюканжа «Тридцать лет, или Жизнь игрока». «Пьеса произвела на меня такое впечатление, – вспоминал писатель, – что я не спал ночь, бредил, крича о пожаре, а наутро сейчас же сам стал устраивать в детской сцену». Он сам отмечал у себя особое качество: желание подражать всему «артистическому» – актерам, циркачам, фокусникам. Наверное, это свойство и пробудило у него интерес к литературе, хотя книг в доме не было. Впрочем, иногда по вечерам отец и дядя читали вслух «Евгения Онегина», «Горе от ума» и «Мертвые души» – по рукописным копиям, потому что «печатные экземпляры были тогда очень редки».
Читать Лейкин научился восьми лет; первым текстом, который он прочел, была вывеска купеческой лавки на соседней Колокольной улице. Первоначальное образование получал дома: Николая и его братьев и сестер учила мать, женщина строгая и богомольная, происходившая из крепостных крестьян (некоторые эпизоды ее судьбы он опишет в повести «Две неволи»). Чтобы поощрить старшего сына к учению, она пообещала ему в случае хороших успехов купить то, о чем ребенок страстно мечтал, – «картонный театр с опускающимися и поднимающимися декорациями и актерами на подставках». Был и другой стимул: ленивых и непослушных детей в семье нещадно пороли.