Понятно, денег ему не дали. Тогда он объявляет коллегам, что оставляет работу в университете и собирается вместе со своей недавней ученицей, а ныне – молодой женой Анной отправиться в восточные колонии Голландии – современную Индонезию.
Не добившись финансирования экспедиции, он вербуется на должность хирурга колониальных войск и, проболтавшись месяц в тесной каюте парохода, вместе с женой и недавно родившейся дочкой, высаживается на Суматре.
Голландская военная администрация, сильно скучая вдали от родины, проявила неожиданный интерес к поступку Дюбуа. В его распоряжение были выделены два горных инженера с полусотней солдат. И не обременяя себя работой в госпитале, Евгений начал обследовать окрестные пещеры.
Вскоре ему сообщили, что на острове Ява обнаружен ископаемый череп. Дюбуа перебрался туда и там обнаружил еще один череп, точно такой же. Жалованья врача Евгений уже не получал, но в те колониальные времена он все же имел возможность нанимать туземных рабочих, кормить их, упаковывать находки.
Пройдемся дальше по годам жизни Дюбуа. В 1891 и 1892 годах он уже имел некоторую научную поживу. В руках у него была черепная крышка, бедренная кость обезьяночеловека, как он полагал, обезьяний зуб и еще ряд мелочей.
Дюбуа твердо был уверен, что нашел искомое. На берегу реки Бенгаваган он устанавливает прямоугольную бетонную тумбу с памятным знаком: «Обезьяночеловек прямоходящий обнаружен в 175 метрах на северо-северо-восток от этого места в 1891–1893 годы».
Тогда же он посылает в Европу телеграмму, возвестившую мир о радостном научном триумфе. Первой реакцией была ответная телеграмма от Эрнста Геккеля: «Поздравления от изобретателя питекантропа – его счастливому открывателю».
Год 1894-й. В столице Голландской Индии, Батавии, выходит книга Дюбуа о его находках. Она завершалась словами: «Питекантроп прямоходящий есть не что иное, как переходная форма, которая согласно эволюционному учению, должна была существовать между людьми и антропоидными обезьянами: он – предок человека!»
В июне 1895 года Дюбуа приплывает в Европу. С собой он привез 15 ящиков с окаменелостями. Он сооружает для «питекантропа» специальный чемоданчик. С ним он колесит по всей Европе, рассказывая об обстоятельствах своей работы и показывая свою научную добычу. Известно, что однажды он даже забыл свой чемоданчик в одном из парижских ресторанчиков.