Для спасения флота Щастный решил придать приказ гласности, и на следующий день он просто зачитал его с трибуны III съезда делегатов Балтийского флота со своими комментариями. Съезд принял решение, что корабли можно заминировать и взорвать только после боя с реальным противником, если не будет иного выхода. В Москву к Троцкому отправилась делегация моряков, чтобы лично вручить ему решение съезда. На следующий день Щастный отправил в Морской штаб телеграмму с просьбой об отставке, но она принята не была.
Стоит отметить, что настроение моряков-балтийцев по отношению к большевистскому правительству в эти дни было почти враждебным. Причин на это было много: от заключения «странного» мира с немцами до неспособности наладить снабжение флота. Возвращение кораблей и экипажей стало неприятным сюрпризом для городских властей, они оказалось к этому не готовы. Как раз в мае произошло открытое антибольшевистское выступление в Минной дивизии, моряки которой приняли резолюцию следующего содержания:
«Петроградскую коммуну ввиду её полной неспособности и несостоятельности предпринять что-либо для спасения родины и Петрограда распустить и вручить всю власть морской диктатуре Балтийского флота».
С великим трудом Раскольникову, Луначарскому и другим большевистским лидерам удалось успокоить ситуацию. Кстати, восставшие моряки предлагали Щастному стать диктатором, но он отказался. Позже он сам рассказывал об этом комиссару флота Блохину, который, видимо, передал его слова Троцкому.
27 мая Щастный был вызван в Москву к наркомвоенмору Троцкому. В его кабинете, который помещался в бывшем Александровском военном училище на Знаменке, произошло бурное выяснение отношений. Троцкий стал кричать и бить кулаком по столу, на что Щастный попросил его прекратить истерику и вести разговор в более подобающем тоне. Закончилось всё тем, что Щастный был арестован. Троцкий отправил ВЦИК записку
(«Дело командующего Балтийским флотом А.М.Щастного», М.: 2013): «Уважаемые товарищи. Препровождаю Вам при сём постановлении об аресте бывшего начальника морских сил Балтики Щастного. Он арестован вчера и препровождён в Таганскую тюрьму. Ввиду исключительной государственной важности совершённых им преступлений мне представлялось бы абсолютно необходимым прямое вмешательство в это дело ЦИКа. С товарищеским приветом Л.Троцкий».