Для беженцев на станции Всполье уже 7 июля был организован фильтрационный пункт. Красные проверяли каждого человека. Как писал командир Новгородского батальона Александр Поляков, «у меня был организован концлагерь для более ненадёжных, коих я направлял в таковой, но красноармейцы по дороге по рукам судили того или иного беженца, если руки похожие на рабочие, то таковых вели в концлагерь, а непохожие на рабочие, то тех расстреливали». Сколько людей погибло, не пройдя «тест на руках», осталось неизвестным. Оставшихся в живых после проверки за железнодорожной насыпью на Всполье отправляли в лагерь беженцев.
В своих воспоминаниях большевики называли различные причины масштабного артиллерийского обстрела Ярославля. Наиболее откровенно и чётко объяснил их председатель Военно-революционного комитета северных железных дорог И.Н.Миронов.
Он писал: «Организованного командования с нашей стороны в достаточной степени всё время не было, первые дни не было и товарища, мало-мальски знающего военное дело, могущего руководить боевыми операциями. Ясно было, [что] недостаточно или, вернее, почти совсем не было лиц, достаточно знакомых с управлением артиллерийскими орудиями. Всё это и затрудняло ликвидацию восстания, и вызвало в достаточной степени беспорядочный обстрел города и тем [самым] излишние разрушения.
Первые дни мы пытались взять город ружейной атакой, но у белых было слишком много пулемётов, мы потерпели поражение – наши атаки не имели на противника никакого действия. Поэтому мы перешли вскоре, главным образом, к артиллерийскому обстрелу города, и обстрел в течение 11 (?) дней был беспрерывный, круглые сутки, за исключением глубокой ночи.
…Мы пытались воззваниями и, насколько это удавалось, другими путями распространять в городе среди населения решение Ревкома, чтобы население уходило из города, так как для нас не было другой возможности, кроме артиллерийского огня».
Красные широко применяли расстрелы без суда и следствия. Как телеграфировал в Москву комендант станции Всполье Александр Громов, «в настоящий момент положение наше улучшилось, много офицеров взято в плен, многие мною лично признаны и расстреляны».
Один из очевидцев писал, что «в эти дни в Ярославле было жить очень опасно, и не думали, что завтра будем жить, так и все 16 дён настроение было самое ужасное». Большевики провели совещание для организации медико-санитарной помощи, поскольку «необходимо спешно убрать трупы, иначе будет зараза». В столицу ушло прошение срочно прислать в Ярославль летучие санитарные отряды…