После смерти мужа Германа Пессати в 1939 году Софья Исааковна жила в коммунальной квартире, в полном одиночестве.
Сын Александр погиб в 1942 г. под Сталинградом.
Софья Дымшиц скончалась в 1963 году в Ленинграде.
Марианна Алексеевна, дочь С. И. Дымщиц и А. Н. Толстого, стала доктором химических наук, профессором Московского Института стали и сплавов, зав. кафедрой общей химии в Московском авиационно-технологическом институте им. К. Э. Циолковского (МАТИ).
Мужем Марианны Алексеевны был Евгений Александрович Шиловский (1889–1952), военный. С октября 1928 года занимал должность начальника штаба Московского военного округа, с февраля 1931 г. работал в Военно-воздушной академии РККА им. Н. Е. Жуковского. В разное время занимал должности старшего руководителя кафедры оперативного искусства, начальника оперативного факультета, начальника штаба академии. С декабря 1936 года Шиловский – старший преподаватель, а с мая 1940 года – начальник кафедры оперативного искусства Академии Генерального штаба РККА. Марианна Толстая и Евгений Шиловский познакомились в 1933 году во время отдыха в санатории под Москвой, поженились в 1936 году, а в 1937 году у них родилась дочь Марина.
Е. А. Шиловский был вторым мужем Елены Сергеевны Булгаковой (Нюренберг-Неёловой), послужил прототипом Вадима Рощина в романе А. Н. Толстого «Хождение по мукам» и прототипом мужа Маргариты в романе «Мастер и Маргарита» М. Булгакова.
Софья Исааковна уехала из Берна не только из-за того, что решила уйти от мужа, быть дантисткой она тоже больше не хотела, ее увлекла живопись. В Петербурге молодая женщина поступила в школу Сергея Семёновича Егорнова, окончившего в 1891 году Академию художеств со званием классного художника 1-й степени.
В столице, на улице, произошла случайная встреча двух молодых людей. «Алексей Николаевич, – вспоминала С. И. Дымшиц, – попросил разрешения посетить меня и мою семью. Вскоре он пришел к нам с женой, Юлией Васильевной Рожанской. Так начались частые семейные встречи. Но затем Алексей Николаевич стал приходить ко мне один, без жены, что вызвало недовольство моих родителей. От меня потребовали, чтобы я перестала принимать Алексея Николаевича. И мне пришлось покориться».
Но А. Н. Толстой знал, что Софья Исааковна учится у С. С. Егорнова, и сам стал учеником этой же школы (в это время живопись его увлекала не меньше, чем литература).