Вскоре императорская чета стала регулярно встречаться с французом месье Филиппом (настоящее имя – Филипп Низье-Вашо). Он пользовался репутацией гипнотизера, будто бы излечивающего нервные болезни. Он сумел внушить императрице, что если она будет следовать его советам, то непременно родит сына. Летом 1902 г. тридцатилетняя императрица, мать четверых детей, под воздействием предсказаний Филиппа заключила, что она беременна. Все ждали наследника, и больше всех императрица, но чуда не произошло, беременность была ложной. Филипп объявил, что она родит сына, если обратится к покровительству святого Серафима Саровского. Православная церковь не знала такого святого, но выяснилось, что в Саровском монастыре жил монах-праведник, способный творить чудеса. Император потребовал от Святейшего синода причислить к лику святых преподобного Серафима. На возражения обер-прокурора К. П. Победоносцева, что канонизация не совершается по приказу царя, Александра Федоровна ответила: «Император может все». Через год преподобный Серафим был канонизирован. Царская семья совершила поездку в Саров для поклонения мощам преподобного Серафима в надежде на «милость Божью», где императрица купалась в чудотворном источнике преподобного. Молитвы Николая и Александры были услышаны! 30 июля 1904 г. в Петергофе родился долгожданный наследник, названный Алексеем в честь любимого Николаем II царя Алексея Михайловича Тишайшего. Но, словно роковой печатью, Алексей был отмечен с первых дней жизни: вместе с генами английского королевского дома мальчик унаследовал тяжелую, по тем временам неизлечимую болезнь – гемофилию. Этой страшной болезнью страдал сын королевы Виктории Леопольд, несколько ее внуков и правнуков. Болезнь унесла из жизни брата и двух племянников императрицы Александры Федоровны. Наиболее характерным клиническим симптомом этого заболевания является нарушение системы свертывания крови, приводящее к обильным, подчас смертельным кровотечениям.
Особенно тяжелый кризис у Алексея произошел во время пребывания царской семьи на охоте в белорусском имении «Спала» осенью 1912г. Мальчик, прыгнув из лодки на берег, почувствовал резкую боль в паху и бедре. Врачи обнаружили быстро увеличивающуюся гематому. Николай в письме к матери так описывал состояние Алексея: «Дни от 6-го до 10-го октября были самые тяжелые. Несчастный маленький страдал ужасно, боли схватывали его спазмами и повторялись почти каждые четверть часа. От высокой температуры он бредил и днем, и ночью, садился в постели, а от движения тотчас же начиналась боль. Спать он почти не мог, плакать тоже, только стонал и говорил: „Господи, помилуй“. Я с трудом оставался в комнате, но должен был сменять Аликс при нем, потому что она, понятно, уставала, проводя целые дни у его кровати. Она лучше меня выдерживала это испытание, пока Алексею было плохо, но зато теперь, когда, слава Богу, опасность миновала, она чувствует последствие пережитого и на бедном сердце ее это сказалось»