Выпускники Чурачикской школы стали поступать в высшие учебные заведения, что было раньше редкостным явлением. Все это воодушевляло и учащихся, и учителей, и директора школы. Юрген Петрович переписывался с учеными педагогами Москвы и Ленинграда, много читал, обобщал опыт учителей и свой опыт воспитательной работы. В 1952 году принял решение учиться дальше – поступить в заочную аспирантуру Ленинградского государственного педагогического института им. А.И. Герцена. Успешно выдержав вступительные экзамены (получил 15 баллов из 15 возможных), стал аспирантом-заочником. 1953-1957 гг. были годами напряженной учебы. Была утверждена тема кандидатской диссертации «Общественные поручения как средство воспитания ответственного отношения к обязанностям в старших классах сельской школы». В период учебы в аспирантуре директор школы продолжал экспериментальную работу в школах района. Много ценных советов ему давали известные ученые педагоги Е.Я. Голант, Н.Н. Петухов, Г.И. Щукина, Ш.И. Ганелин и др.
В 1957 г. Ю.П. Сокольников был переведен в очную аспирантуру. Диссертацию он защитил 20 ноября 1958 г. в пединституте им. А.И. Герцена. С 1958 по 1971 гг. работал в Чувашском пединституте им. И.Я. Яковлева ассистентом, старшим преподавателем, доцентом, зав. кафедрой педагогики и психологии, одновременно работал учителем истории и классным руководителем в школе №4 в г. Чебоксары. Его пример вдохновил И.П. Прокопьева, директора Чурачикской школы-интерната, который впоследствии стал кандидатом, а затем доктором педагогических наук, академиком АПСН, МАНПО, МПА.
В 1965-1967 гг. Юрген Петрович в школах Чувашии организовал массовую опытную работу по проблемам организации целостного подхода к воспитанию школьников, апробацию своих методических пособий.
Большую работу Юрген Петрович проводил по привлечению студентов к научно-исследовательской работе, руководил студенческим отрядом «Макаренковец». С августа 1967 г. по август 1969 г. Ю.П. Сокольников являлся старшим научным сотрудником и работал над завершением докторской диссертации. Защита диссертации «Общественно полезная деятельность как фактор формирования личности подростка» на соискание ученой степени доктора педагогических наук состоялась 9 февраля 1970 г. в Ленинградском пединституте имени А.И. Герцена. Он стал вторым доктором педагогических наук в Чувашии (первым был Г.Н. Волков).