Под его руководством в боевой состав армии вводятся Канская и Иркутская ракетные дивизии, Красноярская ракетная дивизия преобразуется в базу храненияч элементов БЖРК. В 2003 году войска армии успешно сдали экзамены Военной инспекции Министерства обороны РФ.
В аттестации 2005 года отмечалось, что «генерал-лейтенант А.А. Швайченко уверенно осуществляет руководство повседневной деятельностью войск армии, грамотно организует взаимодействие с частями округа и администрацией областей, на территории которых дислоцируются соединения и части армии. Способен самостоятельно решать сложные и ответственные задачи, решения принимает после глубокого изучения и анализа обстановки, в работе видит главное. Умеет выделить назревшие проблемы и противоречия, правильно определяет пути их решения. Мыслит творчески и постоянно стремится к поиску смелых и нестандартных решений.
В различных характеристиках и представлениях неоднократно отмечалось, что А.А. Швайченко по характеру выдержан и тактичен, в общении располагает к себе. Грамотный, требовательный и инициативный офицер-руководитель. Смело высказывает своё мнение, не боится принимать решения и брать ответственность на себя, исключительно работоспособен.
В июне 2006 года генерал-лейтенант Андрей Анатольевич Швайченко назначается начальником штаба – первым заместителем командующего РВСН. В этом же году успешно защищает диссертацию на соискание учёной степени «кандидата военных наук».
Мы все испытали огромную радость при назначении нашего однокурсника генерал-лейтенанта Швайченко Андрея Анатольевича начальником штаба РВСН (2006) и в последующем – командующим РВСН (2009)! Начали звонить друг другу, отправлять письма по электронной почте и решили достойно отметить эти события.
Отмечая назначение Швайченко А.А. на должность начальника штаба РВСН, мы собрались 17 ноября 2007 года в поселке Власиха Московской области в довольно небольшом составе – всего 8 человек, из которых двое, Мирошниченко В.Д. и Кривошеев О.В., прибыли из г.Харькова.
Встреча с начальником штаба РВСН генерал-лейтенантом А.А. Швайченко, слева направо: Порошин Ю.И., Багиров А.М., Мирошниченко В.Д., Швайченко А.А., Кривошеев О.В., Власов В.В., Мельников В.А., Буланов А.Б., Новиков В.Е.,ЗАТО пос. Власиха, Московская область, 17 ноября 2007 г.