Весной 1993 г., во время второй научной стажировки в Германии, в стенах Тюбингенского университета произошло судьбоносное для юбиляра знакомство с Фолькером Прессом, занимавшимся в тот период немецкой государственностью и элитами раннего Нового времени. Встреча с Прессом имела значение и для последующих научных связей нашего юбиляра: Пресс ввел Андрея Юрьевича в мир немецкой академической элиты, познакомил со своими коллегами, Петером Моравом и Антоном Шиндлингом, а также своими учениками Францем Брендле, Карлом Хорстом, Георгом Шмидтом, Маттиасом Аше и другими ведущими немецкими историками, изучавшими Священную Римскую империю как социальный организм, проблемы ее внутренней устойчивости. Именно Пресс открыл для Андрея Юрьевича мир немецкого дворянства. Именно тогда у юбиляра возникла идея исследовать историю саксонских курфюрстов второй половины XVI – первой половины XVII вв.; после третьей стажировки в 1998 г. в Дрездене у профессора Карлхайнца Блашке он сосредоточился на фигуре Иоганна Георга I, которому и посвятил свою докторскую диссертацию, защищенную в 2006 г. в стенах Санкт-Петербургского университета («Иоганн Георг I (1586–1656), курфюрст Саксонии: власть и элита в конфессиональной Германии»). Одновременно с изучением саксонских архивов и посещением полуразрушенных замков саксонских дворян идет напряженная работа над проблемами имперских сословных элит, обеспечившая юбиляру положение ведущего специалиста по немецкому дворянству раннего Нового времени.
Другим важным направлением научной деятельности Андрея Юрьевича постепенно становится конфессионализация, под которой немецкие историки конца XX в. понимали воздействие лютеранского, кальвинистского и обновленного католического вероучений на все стороны жизни имперского общества, а также соседних европейских монархий в середине XVI–XVII вв. Речь шла о врастании религиозного опыта в сознание, право, быт и культуру всех сословий и социальных групп.
Проблемы имперского дворянства XVI–XVII вв. виделись историками рубежа XX–XXI вв. как совокупность социально-политических и конфессиональных аспектов, среди которых важнейшими были функции и итоги деятельности княжеской элиты как внутри отдельных территориальных государств, так и Империи в целом. Акцентировалась социальная, религиозная и культурная повседневность знати, ее связь с духовными практиками, многоукладностью позднесредневекового общества, а также роль дворянства в развитии реформационного движения.