Зная великолепные качества Че Гевары в роли боевого командира, его смелость, прекрасную организованность и исключительную дисциплину, Фидель поручает выполнение этой сложнейшей стратегической миссии именно ему. Также ему была доверена и другая, не менее сложная военно-политическая задача по координации планов, операций, административно-управленческих функций разрозненных и самостоятельных революционных групп провинции Лас-Вильяс и горных районов Эскамбрая.
Вторая колонна была передана под начало очень способного, но пока еще не выполнявшего крупных самостоятельных операций Камило Сьенфуэгоса.
Боевая группа, которую возглавил Че Гевара для выполнения своей миссии, состояла из 150 человек, большинство из которых были молодыми и неопытными новобранцами, непривыкшими к жесткой военной дисциплине. С присущей ему откровенностью Команданте сразу же сообщил своим подчиненным, что их всех ожидает очень опасная борьба с превосходящим по силам противником и что почти половина из них может погибнуть. Он предоставил им выбор: идти с ним или остаться на месте. Отряд покинули всего лишь два человека.
31 августа Че Гевара начал длительный, чрезвычайно опасный и, как оказалось, невероятно изнурительный поход.
Он растянулся на труднейшие шестьсот километров через горные холмы, топкие болота, бурные реки, тропические леса и открытые пространства долин, находившиеся на подконтрольных Батисте территориях. Очень скоро утомленным тяжелым походом повстанцам пришлось покинуть свои грузовики, так как преследовавшие их правительственные войска перекрыли им доступы к источникам бензина. Дальнейший марш-бросок они были вынуждены совершать пешком или на лошадях, постоянно страдая от голода, тропических ураганов, жары, туч москитов и опасного бездорожья. Они подвергались непрекращавшимся нападениям хорошо вооруженного противника, в том числе обстрелам и бомбардировкам с воздуха. Страдавшему от мучительных приступов астмы Че Геваре пришлось проявить невероятную выдержку, чтобы сохранить в необученном отряде необходимую дисциплину. Порой ему приходилось прибегать к крепким выговорам и суровым окрикам. Не последнюю роль в этих срывах играли медицинские препараты, которые он вводил себе для борьбы с жестокой болезнью. Однако измученные люди все-таки подчинялись и ценили в своем командире то благородство характера, которое позволяло ему вскоре приносить им свои извинения и никогда не требовать от подчиненных того, чего он не делал сам.