С 2003 года по инициативе Людмилы Васильевны начался выпуск нового научного издания Учения Живой Этики с обширным текстологическим комментарием, основанном на сравнительном анализе имевшихся в распоряжении МЦР источников. Серию книг предваряла ее большая вступительная статья «Философия космической реальности», осмысливающая место Живой Этики в пространстве современной философской мысли и написанная специально для этого издания. В статье давалось систематическое изложение космических законов, действующих на всех уровнях мироздания, и убедительно доказывалось, что в Живой Этике содержится новая научная методология и новая система познания, а сама она является энергоэволюционным импульсом Высшего. Под общей редакцией Л.В.Шапошниковой и с большой вступительной ее статьей был выпущен научный каталог Музея имени Н.К.Рериха в двух томах, содержащий подробные сведения и комментарии о живописных произведениях и рисунках всех четырех Рерихов, включая историю бытования картин, их поступления в коллекцию.
Людмила Васильевна выступила в качестве составителя и инициатора целого ряда научных изданий, возглавив редакционную коллегию как серий («Рериховская научно-популярная библиотека», «Труды Объединенного Научного Центра проблем космического мышления», «Справочник по рериховедению», «Защитим имя и наследие Рерихов»), так и отдельных сборников. Это участие никогда не было формальным: она внимательно изучала материалы, отправляла их на доработку, делала критические замечания, консультировала авторов. По сути, это было полноценное научное редактирование и даже больше – демонстрация подхода к предмету исследования на личном примере, поощрение авторов к всесторонней и глубокой разработке затронутых ими проблем.
И, конечно же, особое место среди изданий МЦР занимают труды самой Людмилы Васильевны, посвященные проблемам нового космического мировоззрения. Блистательный писательский талант, обширные познания и пытливый ум философа позволили ей создать целый ряд выдающихся произведений, помогающих читателю осмыслить важнейшие положения Живой Этики и стимулирующих его собственные размышления о происходящем на нашей планете. В своем последнем интервью на вопрос «Что лично Вы привнесли в понимание философии Рерихов?» она ответила: «Мне кажется, ничего я не привнесла. Но написала так, что многие сложные вещи стали понятны каждому человеку. Ведь Рерихов читать очень непросто»