В то же время Эрнест работал в Медицинской школе старшим ассистентом патолого-анатомического отделения и старшим офтальмологическим ассистентом в Королевском лазарете Эдинбурга. В 1886 году получил степень доктора медицины и был награжден золотой медалью и премией Гудсира.
Собственно медицинская миссионерская работа Эрнеста началась в 1886 г., когда он присоединился к своему брату в Сринагаре, Кашмир, и стал работать в больнице Церковного миссионерского общества в рамках Кашмирской медицинской миссии. Он продолжил работу своих предшественников доктора Уильяма Джексона Элмсли, доктора Теодора Максвелла и доктора Эдмонда Даунса.
Братья Нив превратили амбулаторию на холме Соломон, представлявшую собой ряд глинобитных хижин, в современную больницу. Эрнест работал хирургом и в 1923 г. стал консультантом по хирургии. Больница Кашмирской миссии открылась в 1888 г. и была рассчитана на 80 коек, в 1893 г. расширилась до 135 коек. К тому времени в больнице прошли лечение 20606 пациентов, включая 853 стационарных больных, и было проведено 2589 операций. Многие другие британские врачи, хирурги и медсестры присоединялись к работе, особенно в периоды пиковой нагрузки. В число сотрудников вошли доктор Сесил Воспер, доктор М. Р. Рош и три английские медсестры – Нора Нив, Люси Маккормик и Х. Смит. Махараджа Кашгара, Пратап Сингх, был впечатлен работой Миссионерской больницы, делал ежегодные пожертвования и часто посещал больницу. За десять лет с 1918 по 1928 гг. было пролечено 166000 новых амбулаторных пациентов и проведено более 46699 хирургических операций.
В 1891 г. Эрнест и Артур основали Кашмирскую государственную больницу прокаженных (лепрозорий), где Эрнест был почетным директором в течение многих лет. Учреждение финансировалась махараджей и было построено на участке земли, предоставленном британским главнокомандующим кашмирской армии. В первый год здесь пребывало 20 пациентов и насчитывалось 30 коек. В 1894 г. было построено новое здание, больница продолжала расширяться, и к 1917 г. среднесуточное количество пациентов составило 110 человек. Больные проказой поступали в больницу добровольно. Им предоставлялась обильная диета и небольшое еженедельное денежное пособие. В 1920 г. в больнице было 208 пациентов. В последующие годы было построено отдельное детское отделение, где содержались здоровые дети больных проказой, чтобы отделить их от родителей до того, как они заразятся этой болезнью.