Скоро после этого у князя начались неудовольствия с новгородцами. Последние не только не оценили должным образом его заслуги, но отплатили ему неблагодарностью, подняв против него мятеж. С истинно христианской кротостью князь не пожелал навязываться тем, кто не считал его более для себя необходимым, и переехал из Новгорода в Переяславль. Но новгородцы скоро поплатились за свое неблагоразумие. Немцы все более и более начинали теснить их; они уже свободно гуляли по Водской пятине, забирая новгородский скот и лошадей. Тогда новгородцы взмолились к своему исконному защитнику князю Александру, и последний, забыв оскорбление, возвратился в Новгород, собрал дружины и побил немцев. Он не успел окончательно обезвредить их на этот раз только потому, что Батый, в это время уже покоривший Русь, потребовал его к себе; хан приказал сказать князю: «Мне покорил Бог народы; ужели ты один не хочешь покориться мне? Если хочешь сберечь свою землю, приходи на поклон». Благоразумный князь повиновался и ходил на поклон к Батыю.
Между тем в его отсутствие ливонский орден еще выше поднял свою голову. Немецкие рыцари уже наложили свою руку на Псков, хвалясь своим превосходством над русскими: «Славяне ничем другим не могут быть, как нашими данниками», – говорили они. Возвратившись из Орды, Александр быстро расправился с ливонским орденом, отнял у него Псков и очистил от неприятелей псковские земли. Не ограничившись этим, он вошел с своим главным отрядом в самую Ливонию и достиг Чудского озера, которое тогда было покрыто льдом. Здесь 1 апреля 1242 года произошла кровопролитная битва, названная потом «Ледовым побоищем». Немцы выступили против Александра в большом числе. Но князь надеялся на Бога.
– Суди Боже, – молился он, – и рассуди прю мою с языком нечестивым.
Дружина русская рвалась в бой, готовая сложить головы за своего любимого князя. Рыцари первыми начали битву, острою колонною врезавшись в русское войско. Но скоро они потеряли строй и бросились бежать. На протяжении семи верст русские гнались за ними, истребляя их. Освобожденный от опасности, Псков вышел навстречу св. Александру с хоругвями и хвалебным пением: «Пособивый, Господи, кроткому Давиду победити иноплеменника и верному князю нашему, оружием Крестным освободи град Псков от иноязычник рукою Александровою». Князь Александр заповедал при этом псковичам помнить на будущее время о том, кому они обязаны своим избавлением от вражеского разорения: «Если вы забудете это и при правнуках Александра, – говорил им князь, – то вы будете походить на жидов, которых чудесно прокормил Господь в пустыне, а они забыли Того, Кто извел их из Египта». Действительно, победа на Чудском озере была очень благодетельна для русских: немцы поспешили заключить мир с отказом от своих притязаний на Псков, Лугу и Водскую область и с уступкою других областей.