Во время Великого поста о. Иона никуда не отлучался из церкви. Сам он ничего не вкушал, кроме Святых Христовых Таин. Духовные чада батюшки также держали по его благословению исключительно строгий пост. В будние дни они подкреплялись только хлебом, который о. Иона раздавал в конце обедни. Двери Николаевского храма, наполненного народом, всю святую Четыредесятницу не закрывались ни днем ни ночью. Накануне светлого дня Пасхи во двор церкви въезжали подводы с провизией. После праздничной службы батюшка со всеми христосовался и каждому вручал подарок.
Кроме Свято-Михайловского женского монастыря в городе, о. Иона духовно окормлял Благовещенскую обитель, находившуюся в 25 верстах от Одессы. Батюшка не раз появлялся там внезапно чудесным образом. Он предупреждал своих «благовещенских чад», чтобы не подходили к нему в таких случаях. Есть много свидетельств о таинственных исчезновениях о. Ионы и появлениях его в других местах. Одна раба Божия видела батюшку, перемещавшегося по небу. Он отбивался палкой от нападавшего воронья.
В первые годы советской власти о. Иону не трогали. Потом пошли обыски, вызовы на допросы. В 1921 году, когда проводилось изъятие церковных ценностей, его арестовали и посадили в тюрьму. Но «орешек» этот оказался большевикам не по зубам. Поднялась такая волна возмущения в народе, что пришлось отпустить священника.
Внутри Церкви начался обновленческий раскол. Отец Иона и еще несколько настоятелей одесских храмов, несмотря на угрозы, сохраняли верность Святейшему Патриарху Тихону. В то же время многие иереи поддались диавольскому прельщению или малодушно убоялись гонений.
Однажды о. Иона стоял у Престола за всенощной. И вдруг застыл, а затем воздев руки, стал восклицать: «Хвалите имя Господне!» Всего в слезах его увели из церкви домой. Свидетели происшедшего поняли, что батюшке было какое-то необыкновенное видение. Старшая дочь священника, Вера, видела только, как небесным огнем наполнился алтарь. Позже о. Иона рассказал, что он видел Спасителя. За Христом шли иереи, раздиравшие на Нем ризы. Рядом с Господом был преподобный Серафим Саровский и горько плакал. А Иисус сказал ему: «Не плачь, они покаются!»
Когда обновленческие священники просили потом прощения у о. Ионы и кланялись ему в ноги, батюшка им говорил: «Кланяйтесь не мне, а народу, который вы ввели в заблуждение!»