Как гласят местные легенды, в XIV веке его основали пираты. Венецианцы не стали долго терпеть здесь пиратскую вольницу. В 1420 году они захватили Пераст и навели в нем порядок.
Любовь к морю у местных жителей вытравить не удалось, но ее направили в мирное русло. Здесь создали верфь и мореходную школу. Местные капитаны, отличающиеся не только храбростью, но и высоким профессионализмом, прославились на всю Европу. Именно сюда Петр Первый отправил молодых русских бояр обучаться морскому делу.
Первые 17 русских студентов были направлены в 1697 году в мореходную школу «Наутика» (навигация). В городском музее на самом почетном месте висит картина 1711 года «Русские бояре по повелению Петра Великого учатся морскому делу у Марко Мартиновича». Именно с этого эпизода и началось активное сотрудничество русских и бокелей. Капитанов из Которский бухты хорошо принимали при русском дворе, доверяли им командовать русскими военными судами и целыми флотилиями.
Головокружительную карьеру в России сделал местный уроженец Матиа Змаевич (1680 – 1735), известный у нас как Матвей Христофорович Змаевич. Он окончил в Перасте мореходную школу и уже в возрасте 18 лет стал капитаном корабля в венецианском флоте. Как-то раз в Константнополе он попался на глаза русского посланника в Османской империи графа П.А Толстого, который и предложил молодому амбициозному капитану поступить на военную службу в только что нарождающийся российский военно-морской флот. Свою карьеру черногорец начинал капитаном I ранга, но быстро поднимался по карьерной лестнице. Во время Северной войны он отличился в морских сражениях с шведским флотом, участвовал в знаменитом Гангутском сражении. После окончания войны Матиа произвели сначала в контр-адмиралы, а затем в вице-адмиралы. Он командовал строительством галерной гавани Санкт-Петербурга и курировал создание флота под Воронежем во время подготовки к войне с Турцией.
В 1727 году Матиа Змаевич стал полным адмиралом, но уже на следующий год его обвинили в растрате казенных денег и злоупотреблении властью – к этому времени его покровитель Петр I уже умер. По приговору суда Матиа признали виновным и разжаловали в вице-адмиралы. Но не посадили в тюрьму, а… назначили губернатором Астрахани. Он должен был организовать строительство на Дону галер, а затем командовать ими в очередной русско-турецкой войне. Однако адмирал умер незадолго до начала военных действий. Жители Пераста гордятся своим знаменитым земляком. На берегу моря перед церковью Святого Николы, поражающей своей непропорционально высокой колокольней (55 метров), ему установили бронзовый памятник.