Пётр I считал Меншикова незаменимым соратником. Меншиков обладал умом, кипучей энергией, хваткой и интуицией. «Счастья баловень безродный, полудержавный властелин», как назвал Меншикова в поэме «Полтава» Александр Серегеевич Пушкин. После смерти Лефорта Пётр сказал о Меншикове: «Осталась у меня одна рука, вороватая, да верная».
Меншиков неоднократно уличался в присвоении казённых средств и выплачивал крупные штрафы. «Где дело идёт о жизни или чести человека, то правосудие требует взвесить на весах беспристрастия как преступления его, так и заслуги, оказанные им отечеству и государю…– считал Пётр I – …а он мне и впредь нужен».
В связи с делом вице-губернатора Курбатова, вскрылись казённые злоупотребления Меншикова. Основной капитал составили отнятые под разными предлогами земли, вотчины, деревни. Специализировался на отнятии у наследников выморочного имущества. Также Меншиков укрывал раскольников, беглых крестьян, взимая с них плату за проживание на своих землях.
Казнокрадство, самоуправство и подозрения в изменнических сношениях с врагами России, не получившие, впрочем, документальных подтверждений, вынуждали Петра, особенно в последние годы его жизни, держать Меншикова на расстоянии, почти на грани опалы. Начиная с 1714 года бывший царский любимец практически непрерывно находился под следствием. В период правления неспособной к государственным делам императрицы и в петербургский период правления Петра II, малолетнего внука Петра I, Меншиков на два года стал фактическим правителем государства, однако из-за неумеренной амбициозности, даже заносчивости нажил себе множество врагов и в конце жизни потерял все свои приобретения.
Дело о злоупотреблениях тянулось несколько лет, на Меншикова наложено было большое взыскание, но активным участием в осуждении на смерть царевича Алексееяв 1718 году (его подпись в приговоре стояла первой) вернул себе монаршую милость. С созданием в 1719 году Государственной Военной коллегии он назначен был её первым президентом, с оставлением в должности Санкт-Петербургского генерал-губернатора, и отвечал за обустройство всех вооружённых сил России. В 1719 году Меншиков введён был Петром в состав Верховного суда для расследования случаев злоупотреблений по управлению. После того, как сам оказался под подозрением в финансовой нечистоплотности, добровольно выплатил в казну 100 тысяч золотых рублей.