Как и многие в его студенческом окружении, Кондилис становится членом организации «Молодежь Ламбракиса», образованной в 1963 году после убийства депутата от Единой демократической левой партии (ЭДА) Григориса Ламбракиса, которое спровоцировало массовые протесты против консервативного правительства Константиноса Караманлиса. Из греческих политиков Кондилис больше всего ценит центриста Георгиоса Папандреу, возглавившего новое правительство, и тяжело переживает его увольнение, а также последовавший за этим политический кризис, положивший начало печально известному периоду диктатуры «черных полковников». В период активного участия в политических организациях у Кондилиса появляется множество новых друзей, например редакторы журнала Panspoudastiki Стелиос Рамфос и Яннис Калиорис, будущий издатель Георгиос Хатзопулос, психиатр Иоаннис Тсенкос, а также Космас Психопедис, выдающийся греческий философ и ученик Юргена Хабермаса. С большинством из них Кондилис поддерживает активные контакты вплоть до 1990-х годов. На его отношения с друзьями не влияет и постепенное отдаление от марксизма во второй половине 1960-х годов[5].
В июле 1969 года Кондилис успешно завершает свое университетское обучение, ненадолго прерванное из-за службы в армии. Уже в армии Кондилис активно переводит тексты на греческий язык. После университета он продолжает свои занятия. Характерно, что первым большим текстом, написанным Кондилисом, является 187-страничное предисловие к переводу «Государя» Макиавелли. В этот же период Кондилис активно ищет возможности поступления в аспирантуру. Тогдашняя бедность греческих библиотек представляется ему непреодолимым препятствием для написания хорошей диссертации, и Кондилис решает отправиться в Германию, сначала во Франкфурт-на-Майне (где ему не удается найти подходящего научного руководителя), а затем в Гейдельберг.
В сентябре 1972 года Кондилис поступает в аспирантуру Гейдельбергского университета. Он посещает занятия по философии, истории и политологии у Ханса-Георга Гадамера, гегелеведа Дитера Генриха, Михаэля Тойниссена, Вернера Конце и политолога Ханса-Йоахима Арндта. Генрих становится научным руководителем его диссертации «Возникновение диалектики. Анализ европейского Просвещения, а также духовного развития Гёльдерлина, Шеллинга и Гегеля до 1802 года». С ним у Кондилиса поначалу устанавливаются очень хорошие отношения: Генрих впечатлен объемом и глубиной исследований своего аспиранта и всячески помогает ему в работе. Однако после завершения диссертации и Генрих, и Тойниссен дают на нее сдержанно-критические отзывы, отмечая недостатки философской аргументации (в частности, отсутствие ответа на вопрос об истине), перевешивающие огромный объем исторических знаний, продемонстрированный автором. Работа, к большому разочарованию Кондилиса, получает лишь оценку magna cum laude (вместо высшей summa cum laude), что в свою очередь приводит к сложностям с публикацией, которые разрешаются лишь благодаря участию Вернера Конце. Несмотря на свое принципиальное несогласие с оценками рецензентов, объяснимое существенной разницей во взглядах на методы истории философии, Кондилис учитывает некоторые критические замечания и впоследствии существенно перерабатывает текст, разделяя его на две книги: «Возникновение диалектики» (1979) и «Просвещение в рамках рационализма Нового времени» (1981).