В дальнейшем Юнона, как и муж, оставила природную деятельность. В качестве супруги верховного бога она, как и Гера, также была верховной богиней – богиней богинь. Как и супруг, она владела молнией и носила имя Юноны Регины, т. е. Царицы.
Юнона обладала большей властью, нежели Гера. Она соединялась с Капитолийским Юпитером, безраздельно властвуя и даруя власть, как и он, под прозвищами Капитолина и Регина. и вместе с ним и с Минервой образовала тройку самых могущественных богов, покровительствовавших великому Риму.
В Капитолийском храме Юпитера у Юноны был специальный придел, и она, как и Юпитер, называлась Капитолийской. При этом, супруга жреца Юпитера была жрицей Юноны. И в молитвах оба эти великих божества назывались рядом. Она покровительствовала римскому государству и была защитницей римского народа, в этом Юнона существенно отличалась от Геры, которая, хоть и была властолюбивой, но покровительствовала лишь отдельным городам, например, Аргосу, а не всей Элладе.
Юнона, подобно Гере, стала богиней брака и рождения, материнства и женской производительной силы. Она была, как и добродетельная Гера, покровительницей браков и охранительницей семьи и особенно замужних женщин. Римляне считали, что каждая женщина имеет свое божество – Юнону, а каждый мужчина – своего Гения. Отсюда уже ясно, что римских божеств было намного больше, чем граждан.
Как и Гера, Юнона была воплощением женской добродетели. Ее брак с Юпитером римляне рассматривали как образец человеческого брака. Поэтому Юнона покровительствовала всему, что связано с женщинами и семейной жизнью, особенно браку и рождению детей. Так, Юнона Пронуба покровительствовала заключению брака, Юнона Домидука вводила девушку в дом мужа и помогала перейти через порог незнакомого ей дома. Юнона Цинксия развязывала девственный пояс у молодой жены, Юнона Флувония покровительствовала зачатию, Юнона Луцина – рождению ребенка и т. д. В священную рощу Юноны приходили раз в год девушки, желающие выйти замуж, и опускали корзины с жертвенной едой в расщелину, где таилась голодная змея. Считалось, что если девушка девственна, змея ее не трогала, и муж получал ее чистой и невинной. Это испытание находилось под особым покровительством добродетельной Юноны.
Почтенные, замужние женщины, состоявшие в законном браке, назывались матронами, и каждый год 1 марта они праздновали в честь Юноны Матроналии.