Этот князь обосновался в Салониках, где он был правителем. Вскоре забыв о страшной катастрофе в Дидимотике и опасном положении своего отца, который удерживался на троне лишь благодаря крайней покорности, он задумал отобрать у османов важный город Феры. Узнав об этом вероломстве, Мурад отправил одного из своих лучших полководцев, Хайреддин-пашу, за Босфор с приказом захватить Салоники и доставить Мануила в цепях. Рвение, с которым османы, численно превосходившие греков в три раза, осаждали город, напугало жителей. Всегда склонные к мятежу, они восстали против Мануила и пригрозили открыть ворота врагу, если он не получит подкрепления из Константинополя. Князь поспешил сообщить отцу о своем бедственном положении: робкий император ответил, что не только не может оказать ему помощь, но даже не осмелится принять его при дворе, опасаясь вызвать гнев своего могущественного союзника. Лишенный всякой поддержки и окруженный угрозами, Мануил ночью бежал на галере и отправился просить убежища у генуэзского правителя Лесбоса, которого ему отказал отец в своем дворце. Но и там царил страх перед именем Мурада, и ему запретили вход в порт острова. Тогда он принял смелое решение отправиться в Прусу, чтобы умолять о милости своего победителя. Эта уверенность врага смягчила негодование Мурада. Он вышел ему навстречу, мягко упрекнул его за преступное поведение, великодушно даровал ему прощение, которого тот просил, и отправил его к отцу, приказав тому с добротой принять наследника своего трона. Салоники вскоре перешли под власть турок.
Греческая империя слабела с каждым днем; османы и их союзники окружали ее со всех сторон; они владели Херсонесом; часть Фессалии принадлежала им; оставалось лишь одно дуновение, чтобы разрушить трон Константина. В этот период упадка часто вспыхивали гражданские раздоры. Так, мятежник Андроник, освобожденный из тюрьмы генуэзцами, получил от своих новых союзников помощь для нападения на императора. Он заставил своего отца капитулировать и принять его в Константинополе, после того как тот торжественно поклялся отказаться от своих гнусных планов. Но вскоре, нарушив свои клятвы, он осмелился совершить еще более преступные деяния, чем прежде. Поддержанный своими старыми сторонниками, он провозгласил себя императором и заточил отца и братьев в тот самый дом, из которого его освободили. Они провели там два года; один из их друзей добыл им свободу и убежище в Скутари. Узнав об этом, Андроник принял решение, которое поразило греков: вместо того чтобы ввязываться в святотатственную войну, которая могла навлечь на империю величайшие бедствия, он попросил прощения у Иоанна Палеолога, заявив, что отказывается от своих узурпаторских планов, и, чтобы убедить его в этом, покинул Константинополь со всей своей семьей. Император, смягченный покорностью Андроника, обошелся с сыном доброжелательно и выделил ему небольшой удел, где тот жил спокойно.