Пока Михаил трудился над возвращением Константинополю его прежнего блеска, он также занимался возвращением в город патриарха Арсения, который, предвидя печальную судьбу законного князя, оставил заботу о своей пастве и удалился в уединение. Другой патриарх, Никифор, епископ Эфесский, был с большими почестями возведен на Никейский престол, и это новое избрание вызвало раскол в греческой церкви. Поскольку смерть Никифора освободила патриарший престол, император обратился к епископам, прибывшим со всех сторон, чтобы присутствовать при его вступлении, и после долгих размышлений решил вернуть Арсения. Тот, уставший от своего добровольного изгнания, не смог устоять перед желанием вновь увидеть родину и согласился вернуть себе прежнее достоинство. Он вернулся в Константинополь, и император, сопровождаемый синодом, главными чиновниками своего двора и большой толпой народа, провел патриарха в Святую Софию. Там, взяв прелата за руку, он сказал: «Вот ваш престол, владыка, от которого вы слишком долго отказывались; наслаждайтесь им для спасения народа, вверенного вашему попечению». В то же время он вернул ему все владения патриархата.
Занятый множеством забот, Михаил до сих пор откладывал награждение Стратегопула за его блистательную победу. Он не находил наград, равных услуге, оказанной ему генералом; он придумал новые и удостоил его почестей, некогда предоставляемых только государям. Стратегопул, облаченный в одеяния цезаря, проехал по всему городу на великолепной колеснице под аплодисменты и восторженные крики греков, опьяненных радостью. Его голова была украшена короной, усыпанной драгоценными камнями, подобной императорской, и он получил привилегию носить ее всю жизнь. В течение года его имя должно было упоминаться вместе с именем императора в официальных документах, приветствиях и общественных молитвах.
Затем возвращение в Константинополь было отпраздновано как начало новой империи, и Палеолог пожелал повторить церемонию своего коронования в соборе Святой Софии. Ослепленный блеском своего восстановления и почтительным отношением амбициозного коллеги Иоанна Ласкариса, патриарх позволил себя убедить, что это новое коронование никоим образом не нарушает права его законного государя, и вновь возложил диадему на голову императора. Замыслы Палеолога, осуществляемые с терпением и хитростью, приближались к своему завершению. Он постепенно уничтожил почести Ласкариса, стер его имя из государственных актов и, наконец, устранил все опоры, которые этот августейший ребенок мог найти в своей семье. Из пяти сестер, старших его по возрасту, две уже были выданы замуж за иностранных принцев. Для трех остальных он выбрал вельмож знатного происхождения, но слишком слабых, чтобы опасаться их мести. Лишив молодого принца всякого уважения и поддержки, чьи права все еще сохранялись в памяти народа, он решил обеспечить себе владение троном и приказал лишить его зрения. Вместо того чтобы мучительно вырвать глаза, исполнители этого варварского приказания разрушили зрительный нерв, подвергнув их воздействию яркого отражения раскаленного докрасна металлического сосуда. Иоанн Ласкарис был затем сослан под строгим надзором в замок Дакибиза, где он влачил жалкое существование в течение многих лет.