Столичные власти отказались пойти на эксперимент, и тогда отставной офицер осенью 1910 года предложил Институту экспериментальной медицины заключить с ним договор о сотрудничестве. Согласно заключенному договору, институт обязывался провести исследования очистной работы фильтров, которые Филькович установил за свой счет, а затем опубликовать результаты. По истечении двух лет фильтры переходили в собственность института.
Фильковичу предоставили участок в усадьбе Императорского института на Аптекарском острове, где на собственные деньги рационализатора осуществили монтаж фильтров Puech-Chabal. Степень очистки воды оказалась столь высока, что позволила Медицинскому совету Министерства внутренних дел рекомендовать французские фильтры для применения.
Вдохновленный успехом, Филькович в апреле 1913 года обратился в Министерство внутренних дел с ходатайством о возвращении ему 40 тысяч руб., израсходованных на устройство фильтров. Обращение препроводили министру финансов Владимиру Коковцову, однако тот счел компенсацию невозможной. Он посчитал, что эксплуатация фильтров в Императорском институте носила характер рекламы, а установка осуществлялась добровольно и не была связана с какими-либо обязательствами со стороны государства.
Тогда Филькович решил дойти до самых верхов. Осенью 1913 года он опубликовал хвалебную статью о фильтрах в газете «Санкт-Петербургские ведомости» и обратился к дворцовому коменданту Владимиру Дедюлину с просьбой доложить о своем деле императору Николаю II. Однако и здесь капитана ждало разочарование. В ответ на его письмо Дедюлин прислал телеграмму: «Вопрос о фильтрах, как не входящий в мою компетенцию, не считаю себя вправе докладывать, и вообще делу этому ход дать не могу».
После того как 30 января 1914 года новым министром финансов вместо ушедшего в отставку Коковцова стал Петр Барк, Филькович вновь решил попытать счастья и 1 марта подал министру записку с просьбой возврата денег. Однако и теперь итоги обращения оказались неутешительными. По поручению Барка канцелярия министра подготовила ответ: «Его Превосходительство затруднился согласиться на возмещение господину Фильковичу израсходованных им средств, так как затраты были произведены добровольно, с целью рекламы».
Тем временем капитан разразился личным письмом к Барку, в котором замечал: «Справедливость требует возместить мне не только 40 тысяч руб., но и суммы гораздо большей, так как я никакой рекламы никому не создал, а принес Правительству громадную пользу…»