Во многих районах страны свирепствовали различные опасные для человека лихорадки, и были совершенно непонятны причины тропических заболеваний, неизвестны способы их лечения. Имевшие ужасные последствия засухи повторялись в некоторых районах Бразилии подряд в течение нескольких лет. В сезон обильных дождей случались разрушительные наводнения. Несмотря на то что почва в некоторых местах была плодородной, в районах выращивания сахарного тростника в Байе и Пернамбуку она была очень бедной, в ней недоставало органических веществ; это обнаружилось после того, как все тропические леса были сведены ради посадок тростника. Недостаток кальция был (и остается) особенно серьезным фактором, неблагоприятно влияющим на пищевую ценность некоторых сельскохозяйственных культур. Жуан Пейшоту Вьегаш так писал из Баии в 1687 г. о рисках тропического земледелия: «Это подобно акту зачатия, во время которого его участник еще не знает, каков будет результат, появится ли в итоге мальчик или девочка, здоровый ребенок или больной; все это обнаружится только после рождения».
Но первопроходцам приходилось считаться не только с капризами природы. В некоторых капитаниях, таких как Ильеус и Эспириту-Санту, все еще представляли реальную угрозу непокоренные племена каннибалов. В глуши лесов и в сертане существовали поселения беглых негров-рабов киломбу (quilombos), которые были объектом пристального внимания со стороны плантаторов, заинтересованных в использовании этой дешевой рабочей силы в собственном хозяйстве. Судопроизводство в колонии было неэффективным и коррумпированным. Те, кто рискнул освоить участок земли во внутренних районах или начал разводить скот, могли лишиться и того и другого. Землевладелец-латифундист знал, как дать взятку служителю закона. Обременительным налогом облагались основные экспортные товары, в первую очередь сахар и табак, хотя с помощью контрабанды иногда удавалось его обойти. Среди важнейших импортных товаров была соль, на которую с 1631 г. была установлена королевская монополия. Созданная в 1649 г. Бразильская компания имела монополию на вино, муку, оливковое масло и треску. Несмотря на все имевшиеся препятствия для развития хозяйства, Бразилия все еще была страной больших возможностей, но только для людей целеустремленных и авантюристов.