Трифонов буквально препарирует процесс забвения и памяти, раскрывая читателю, как главный герой, ученый и литературовед Вадим Глебов, намеренно корректирует свои воспоминания. Историю предательства своего научного руководителя Ганчука он выдает за череду случайностей и перекладывает ответственность на других действующих лиц. Одновременно с личной историей протагониста, который вспоминает о своем детстве в 1930‑е годы, героем повести становится Дом на набережной, чья история раскрывается через детское восприятие и непонимание, куда исчезают люди, почему дом окутан атмосферой страха и неизвестности. Воспоминания о друзьях детства, у каждого из которых были реальные прототипы, неразрывно связаны с историями «взрослых» – родителей, родственников, знакомых, которые исчезают по неизвестным причинам и о которых больше нельзя упоминать.
Соединение в «Доме на набережной» документальной точности в описании и передаче атмосферы времени и художественного вымысла создает сложно устроенную картину того, как работает память, существующая в намеках и умолчаниях, в намеренно «забытых» воспоминаниях и в вымышленных историях.
Пересечение в рамках произведения разных пластов истории, например детства, наполненного играми, первой влюбленностью и приключениями, и трагическими событиями, происходящими в стране, но при этом никому как будто не известными, позволяет нам на примере повести поставить вопрос о том, как в одной судьбе соотносится друг с другом память и история. Как можно говорить о собственном прошлом и одновременно отделить себя от него? В повести Трифонова этот вопрос стоит очень остро, потому что он раскрывается через личные воспоминания. Мы видим все происходящее глазами героя, его воспоминания являются нашим единственным источником, поэтому мы можем только догадываться, что он от нас скрывает, а что искажает. Взгляд Глебова особенный потому, что он одновременно участник и свидетель событий. Это позволяет навести резкость на историю, которая разворачивается на наших глазах.
Повесть «Дом на набережной» является важным примером осмысления вопроса истории и памяти в литературе – личной памяти, которая при этом может быть неполной, временами неясной и даже искаженной. Но мы все равно ищем возможность прикоснуться к этому опыту, потому что он кажется наиболее непосредственным и конкретным.