Дабы сохранить за собой свободу действий, Бруно бежал в Рим, где надеялся оправдаться. Вечный город встретил его шумным празднованием свадьбы Джакомо Буонкампаньи, незаконного отпрыска 80-летнего папы Григория XIII, с графиней Ди Сантафиоре. Однако Рим был не лучшим местом для беглых еретиков. Редкий год не был отмечен огненным спектаклем инквизиции. Так, в 1567 году был обезглавлен и сожжен бывший папский протонотарий Пьетро Карнесекки вместе с его братом; в 1568-м на костер взошли пять человек, на следующий год – еще четверо, в том числе философ и поэт Аонио Палеарио. Костры пылали в Риме и в 1572, и 1573 годах.
Бруно укрылся в доминиканском монастыре Санта Мария делла Минерва. По прошествии нескольких дней он узнал от своих неаполитанских друзей, что при обыске в его келье нашли комментарии Эразма Роттердамского к некоторым сочинениям свв. Иеронима и Иоанна Златоуста. Книга эта значилась в папском «Индексе», ибо Эразм в своих комментариях всячески подчеркивал, насколько далеко отстоят богатство и развращенность католического духовенства от обычаев и нравов ранних христиан.