Лениндин тапшырмасына ылайык, Өзгөчө комиссиянын биринчи милдети- жергиликтүү калктан аскердик отряддарды, жер-жерлерде милициялардын топторун түзүп, аларды басмачыларга каршы күрөшкө мобилизациялоо, тартиптин сакталышын камсыз кылуу, экинчиси, коммунисттик партияларды бириктирип, көз караштары жакын эсерлерди, кадеттерди өздөрүнө тартуу болгон. Аймакта нефти-газ кендерин чалгындап, табуу иштери үчүн барган атайын экспедицияга жардамдашуу, пахта, дан эгиндери сыяктуу стратегиялык мааниси бар продукцияларды өндүрүү, аскерлерди зарыл нерселер менен камсыз кылуу да комиссияга жүктөлгөн. Ал убакта большевиктерге караганда эл арасында кадеттердин, эсерлердин таасирлери күчтүү болгонун дагы бир жолу эске сала кеткибиз келет.
Бул милдеттерди Өзгөчө комиссия ийгиликтүү аткарган. М. Фрунзе Орто Азияга үч дивизия менен гана келсе, ал аны тез эле чоң армияга айландырган. Анын демилгеси менен ыктыярдуулардын А. Осмонбеков, К. Камчыбеков, Т. Эгембердиев, Ж. Саадаев, М. Масанчин, С. Күчүков, И. Токбаев жетектеген отряддары, дивизиондору түзүлүп, жергиликтүү элдерден кызыл армияга тартылгандардын саны 30 миңге жеткен. Басмачылыкка каршы күрөшкөндөрдүн мыктылары кийин Врангелдин аскерлерин талкалоого да катышкан. М. Фрунзенин кол башчылык, уюштургуч таланты гана эмес, дипломаттык жөндөмү да аябагандай чоң болгону ак аскерлер ээлеп алган жерлерде партизандардын отряддарын түзүп, Жети-Суудагы совет бийлигине каршы чыккан орус казактарды, Фергана өрөөнүндөгү басмачылардын башкы командачысы Мадамин бекти, Анжиандык корбашы Ахунжанды тынчтык жолу менен эпке келтиргенинен көрүнүп турат.
Комиссиянын жетекчилиги менен 1920-жылы 12-18-январда Ташкентте коммунисттердин интернационалдык конференциясы өткөрүлүп, анда комиссиянын мүчөлөрү аткарган иштери, аймактагы жалпы абал, жаңы бийликтин экономикалык, аскердик саясаттары жөнүндө баяндамаларды жасашкан. Конференцияда үч партияны бириктирип, бир коммунисттик партия түзүү жөнүндө чечим кабыл алынган (13:173—174).
Комиссия Орто Азиядагы элдерди сандарына, географиялык шарттарына жараша ажырымдатып, бөлүү боюнча алгачкы документтерди даярдоону да жетектеген. Алардын канчасы ишке ашкан, канчасы кийин саясый процесстерге жараша өзгөрүүлөргө учураган, алар түгүл алиге чейин ал Комиссиянын ишинин позитивдүү иштери жана кемчиликтери изилденип, иликтенип талдана элек. Биздин оюбузча, жалпысынан Комиссиянын ишине оң баа берсе болот. Ал жергиликтүү айрым жетекчилердин Орто Азиядагы элдердин баарын бириктирип биротоло бирдиктүү Түрк Республикасын түзүү жөнүндө демилгесин токтоткон (14:406). Эгерде Т. Рыскулов, Ф. Ходжаев, Бех-Иванов сыяктуулардын сунуштары өтүп, туруктуу Түрк Республикасы түзүлсө кыргыз, тажик, кара калпак сыяктуу майда элдер өз алдыларынча тилин, маданиятын сактап калат беле же кыпчак, найман, коңурат сыяктуу этностордой чоң элдерге сиңишип жок болуп кетет беле, ал тууралуу азыр так айтуу кыйын. Сакталып калган күндө деле элибиз, аймагыбыз азыркыдай болмок эмес.