Во время советско-польской войны 1920 года Дзержинский был членом Временного революционного комитета (ВРК) Польши в Белостоке.
Некоторые руководители партии и государства полагали, что после Гражданской войны чрезвычайщина не нужна, от услуг чекистов можно отказаться, а преступниками займутся милиция и прокуратура. Дзержинский нервничал, опасался, что созданное им ведомство распустят. Писал своему заместителю Вячеславу Менжинскому:
«Нам необходимо пересмотреть нашу практику, наши методы и устранить всё то, что может питать такие настроения. Это значит, мы должны, может быть, стать потише, скромнее, прибегать к обыскам и арестам более осторожно, с более доказательными данными; некоторые категории арестов (нэпманство, преступления по должностям) ограничить… Необходимо обратить внимание на борьбу за популярность среди крестьян, организуя им помощь в борьбе с хулиганством и другими преступлениями».
Руководитель Наркомата юстиции Николай Крыленко обратился в политбюро: «ВЧК страшен беспощадностью своей репрессии и полной непроницаемостью для чьего бы то ни было взгляда». Он бил тревогу: чекисты не передают дела арестованных в суд, а выносят приговоры внесудебным путём – через особое совещание и «судебную тройку». Крыленко предлагал ограничить строго и жёстко права ГПУ на внесудебный разбор дел, следствие поставить под контроль прокуратуры.
Дзержинский отверг предложения Крыленко: ведомство госбезопасности не правосудие осуществляет, а уничтожает политических врагов. Главный чекист возмущался: «Практика и теория наркомата юстиции ничего общего с государством диктатуры пролетариата не имеют, а составляют либеральную жвачку буржуазного лицемерия. Во главе прокуратуры должны быть борцы за победу революции, а не люди статей и параграфов. Я уверен, что наркомат юстиции растлевает революцию».
Если бы не Дзержинский, ведомство госбезопасности, возможно, вовсе бы исчезло после Гражданской войны и судьба России сложилась иначе. Феликс Эдмундович превратил своё ведомство в инструмент тотального контроля и подавления. Конечно, указания о репрессиях шли сверху, но чекисты не только прилежно исполняли приказы, но и, доказывая свою полезность, сами проявляли инициативу, придумывали врагов и фальсифицировали дела. Жестокость и беспощадность оправдывались и поощрялись. За либерализм могли сурово наказать, за излишнее рвение слегка пожурить.