В 1972-1975-х годах Н.Г. Алексеев работает заведующим отделом кафедры вычислительной математики и программирования МГПИ, в 1975 году вместе с Э.Г. Юдиным и И.Н. Семеновым создает лабораторию методологии эргономики во Всероссийском научно-исследовательском институте технической эстетики (ВНИИТЭ).
Во ВНИИТЭ Н.Г. Алексеев ведет семинар по проблемам неклассических научных дисциплин, в котором принимали участие философы и методологи науки:
А.П. Огурцов, Б.Г. Юдин, В.Г. Горохов, В.С. Швырев, А.А. Игнатьев и др.; а в 1978 году создает секцию по рефлексии, объединившую ведущих философов и психологов (Г.П. Щедровицкий, В.К. Зарецкий, А.Б. Холмогорова, В.И. Слободчиков, И.И. Ильясов, В.М. Розин, И.С. Ладенко, А.Б. Шеин и др.) вокруг одного из центральных научных и методологических направлений – развитие рефлексивного мышления.
В эти годы Н.Г. Алексеев вместе с В.В. Давыдовым, В.П. Зинченко, Г.П. Щедровицким, И.И. Ильясовым, В.В. Рубцовым, Б.Д. Элькониным, Я.А. Пономаревым, Д.Б. Богоявленской, В.К. Зарецким, И.Н. Семеновым и другими учеными активно участвует в работе семинара по психологии мышления в Психологическом институте Академии педагогических наук СССР и секции психологии творчества Института психологии Академии наук СССР.
С 1978 по 1990 год Н.Г. Алексеев работает в лаборатории шахмат ВНИИ физической культуры, затем – в Центральном институте физической культуры (ГЦОЛИФК), где совместно с В.А. Алаторцевым, Б.Ф. Гулько, В.В. Смысловым, Ю.С. Разуваевым, Б.А. Злотником занимается психолого-педагогическими проблемами психологии шахматной игры и подготовки шахматистов олимпийского резерва, осуществляет сопровождение ряда матчей ведущих отечественных гроссмейстеров.
С начала 1980-х годов Н.Г. Алексеев принимает участие в проводимых под руководством Г.П. Щедровицкого организационно-деятельностных играх (ОДИ). С 1983 года Н.Г. Алексеев становится организатором и руководителем множества ОДИ в России и за рубежом (Белоруссия, Болгария, Украина), создает творческие коллективы по методологии и игротехнике в Москве, Киеве, Перми, на Урале, в странах Балтии, Крыму. В Москве в Институте нефте-химической и газовой промышленности и Институте новых технологий Н.Г. Алексеев совместно с Г.П. Щедровицким открывает отделы игротехники.
Начиная с весны 1990 года Никита Глебович Алексеев проводит по несколько месяцев в году в деревне Шахматово Костромской области, которая становится основным местом его научной работы и творчества и куда к нему приезжают коллеги, ученики и соратники.